PDB-7bqk: The structure of PdxI in complex with its substrate analogue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bqk

タイトル

The structure of PdxI in complex with its substrate analogue

要素

Methyltransf_2 domain-containing protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pericyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus bombycis (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Cai, Y.J. / Ohashi, M. / Zhou, J.H. / Tang, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: An enzymatic Alder-ene reaction.
著者: Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Cai, Y. / Tan, D. / Kanayama, D. / Tang, M.C. / Anthony, S.M. / Chari, J.V. / Barber, J.S. / Picazo, E. / Kakule, T.B. / Cao, S. / Garg, N.K. / Zhou, J. / Houk, K.N. / Tang, Y.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bqk.cif.gz	204.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bqk.ent.gz	161.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bqk_validation.pdf.gz	949 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bqk_full_validation.pdf.gz	954.5 KB	表示
XML形式データ	7bqk_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	7bqk_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bqjSC 7bqlC 7bqoC 7bqpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bql-d 7bqp-1 7bqj-d 7bqo-1 3mk2-1 2glq-1 2ay7-d 4kjg-d 1zed-1 2gjw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransf_2 domain-containing protein

B: Methyltransf_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.345, 86.345, 292.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Methyltransf_2 domain-containing protein / PdxI 分子量: 51606.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus bombycis (カビ) / 遺伝子: ABOM_002889 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1F8A906
#2: 化合物	ChemComp-F56 / 3-[(E,2S,4S)-2,4-dimethyloct-6-enoyl]-4-oxidanyl-1H-pyridin-2-one 分子量: 263.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG 20000, 20% PEG MME550, 0.02M of each alcohol (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M (RS)-1,2propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 77183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.166 / Χ²: 1.134 / Net I/σ(I): 3.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.99-2.02	25.3	0.988	3797	0.882	0.2	1.008	1.19	100
2.02-2.06	25.6	0.893	3797	0.919	0.18	0.912	1.216	100
2.06-2.1	26.1	0.804	3780	0.929	0.16	0.819	1.258	100
2.1-2.14	27.6	0.699	3794	0.942	0.135	0.712	1.227	100
2.14-2.19	27.5	0.595	3782	0.961	0.115	0.606	1.249	100
2.19-2.24	27.4	0.531	3772	0.969	0.103	0.541	1.254	100
2.24-2.3	27	0.457	3832	0.974	0.089	0.466	1.28	100
2.3-2.36	26.7	0.383	3819	0.981	0.075	0.39	1.25	100
2.36-2.43	25.9	0.342	3774	0.983	0.068	0.349	1.253	100
2.43-2.51	25.4	0.314	3833	0.985	0.063	0.321	1.24	100
2.51-2.6	26.5	0.269	3825	0.989	0.053	0.275	1.244	100
2.6-2.7	27.5	0.237	3850	0.992	0.046	0.241	1.217	100
2.7-2.82	27.3	0.206	3816	0.993	0.04	0.21	1.17	100
2.82-2.97	27	0.181	3876	0.995	0.035	0.184	1.141	100
2.97-3.16	25.7	0.151	3829	0.996	0.03	0.154	1.072	100
3.16-3.4	25.8	0.123	3904	0.997	0.025	0.126	1.022	100
3.4-3.74	27.5	0.107	3902	0.997	0.021	0.109	0.962	100
3.74-4.29	26.5	0.097	3938	0.998	0.019	0.099	0.904	100
4.29-5.4	24.8	0.087	4007	0.998	0.018	0.089	0.803	100
5.4-50	24.2	0.078	4256	0.998	0.017	0.08	0.732	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BQJ

7bqj

解像度: 1.99→38.615 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	3852	5.01 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1757	76827	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.3 Å² / B_iso mean: 24.7415 Å² / B_iso min: 13.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→38.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7186	0	94	620	7900
B_iso mean	-	-	31.8	28.65	-
残基数	-	-	-	-	910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	10075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.02	4421

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.99-2.0128	0.2458	139	0.2082	2561	99
2.0128-2.0383	0.2727	137	0.2025	2543	100
2.0383-2.0651	0.2155	120	0.1933	2588	100
2.0651-2.0934	0.268	141	0.1992	2570	100
2.0934-2.1233	0.2566	121	0.1939	2582	100
2.1233-2.155	0.2462	136	0.1873	2577	100
2.155-2.1887	0.24	137	0.1878	2568	100
2.1887-2.2245	0.233	136	0.1834	2572	100
2.2245-2.2629	0.242	117	0.179	2594	100
2.2629-2.304	0.1887	139	0.1792	2572	100
2.304-2.3484	0.201	137	0.1754	2600	100
2.3484-2.3963	0.2186	144	0.1761	2587	100
2.3963-2.4484	0.2155	133	0.1756	2551	100
2.4484-2.5053	0.2131	133	0.184	2594	100
2.5053-2.568	0.212	128	0.184	2587	100
2.568-2.6374	0.2175	145	0.1832	2602	100
2.6374-2.715	0.2496	154	0.1893	2597	100
2.715-2.8026	0.2241	145	0.1911	2596	100
2.8026-2.9027	0.2057	152	0.1897	2589	100
2.9027-3.0189	0.2309	133	0.1884	2616	100
3.0189-3.1562	0.2318	136	0.1932	2603	100
3.1562-3.3225	0.2325	144	0.1887	2650	100
3.3225-3.5306	0.1861	140	0.1784	2614	100
3.5306-3.803	0.1897	132	0.1712	2675	100
3.803-4.1853	0.1768	153	0.1494	2650	100
4.1853-4.7899	0.1434	144	0.1363	2695	100
4.7899-6.0311	0.1643	118	0.1595	2721	99
6.0311-38.615	0.1573	158	0.1535	2721	94

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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