+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bqk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of PdxI in complex with its substrate analogue | |||||||||
Components | Methyltransf_2 domain-containing protein | |||||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / pericyclase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / methylation Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Aspergillus bombycis (mold) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | |||||||||
Authors | Cai, Y.J. / Ohashi, M. / Zhou, J.H. / Tang, Y. | |||||||||
Funding support | China, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2020 Title: An enzymatic Alder-ene reaction. Authors: Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Cai, Y. / Tan, D. / Kanayama, D. / Tang, M.C. / Anthony, S.M. / Chari, J.V. / Barber, J.S. / Picazo, E. / Kakule, T.B. / Cao, S. / Garg, N.K. / Zhou, J. / Houk, K.N. / Tang, Y. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bqk.cif.gz | 204.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7bqk.ent.gz | 161.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bqk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqk | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7bqjSC 7bqlC 7bqoC 7bqpC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 51606.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus bombycis (mold) / Gene: ABOM_002889 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1F8A906 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% PEG 20000, 20% PEG MME550, 0.02M of each alcohol (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M (RS)-1,2propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 77183 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 3.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7BQJ Resolution: 1.99→38.615 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.3 Å2 / Biso mean: 24.7415 Å2 / Biso min: 13.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.99→38.615 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|