PDB-7az0: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7az0

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with TH12161

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / 8-oxoguanine DNA glycosylase / N-glycosylase / DNA lyase / DNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Davies, J.R. / Masuyer, G. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Small-molecule activation of OGG1 increases oxidative DNA damage repair by gaining a new function.
著者: Michel, M. / Benitez-Buelga, C. / Calvo, P.A. / Hanna, B.M.F. / Mortusewicz, O. / Masuyer, G. / Davies, J. / Wallner, O. / Sanjiv, K. / Albers, J.J. / Castaneda-Zegarra, S. / Jemth, A.S. / ...

履歴

登録	2020年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7az0.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7az0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7az0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7az0_validation.pdf.gz	985.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7az0_full_validation.pdf.gz	989.6 KB	表示
XML形式データ	7az0_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	7az0_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7az0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7az0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ayyC 7ayzC 6g3yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-glycosylase/DNA lyase

BBB: N-glycosylase/DNA lyase

CCC: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.086, 81.645, 169.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains BBB CCC

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-SDW / 2-cyclopropyl-~{N}-(4-iodophenyl)quinazolin-4-amine 分子量: 387.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄IN₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 30% v/v Precipitant Mix 2 (Morpheus Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→81.64 Å / Num. obs: 44894 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4638 / CC_1/2: 0.64 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G3Y

6g3y

解像度: 2.4→73.676 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.766 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.262 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2566	2164	4.829 %	Random selection
R_work	0.2296	42651	-	-
all	0.231	-	-	-
obs	-	44815	99.973 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.705 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.675 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7395	0	43	43	7481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	7651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.632	10415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	1.575	16018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.697	5	921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.647	21.017	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.436	15	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.866	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	6118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	3601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.983	7.032	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.983	7.031	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.804	10.538	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.804	10.54	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	7.229	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.63	7.23	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.364	10.738	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.363	10.739	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.962	78.535	8211
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.963	78.534	8210
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	9923
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.1	0.05	9554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.1	0.05	9648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.419	172	0.36	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.9078
2.462-2.53	0.356	144	0.337	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.8434
2.53-2.603	0.354	148	0.319	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.357	170	0.327	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9668
2.683-2.771	0.311	135	0.303	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.316	172	0.3	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.329	114	0.289	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.098	0.332	121	0.272	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.235	0.342	137	0.283	2400	X-RAY DIFFRACTION	99.9212
3.235-3.393	0.259	103	0.258	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.288	103	0.241	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.793	0.215	106	0.221	2071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.793-4.054	0.244	124	0.218	1958	X-RAY DIFFRACTION	100
4.054-4.378	0.232	75	0.197	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.794	0.267	78	0.184	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.794-5.358	0.176	69	0.178	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
5.358-6.183	0.247	64	0.205	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
6.183-7.562	0.24	48	0.192	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
7.562-10.653	0.133	49	0.158	933	X-RAY DIFFRACTION	100
10.653-73.676	0.21	32	0.225	563	X-RAY DIFFRACTION	99.8322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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