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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7axe | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the hPXR-LBD in complex with oxadiazon | ||||||||||||
![]() | Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 | ||||||||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR RECEPTOR HORMONE RECEPTOR PREGNANE X RECEPTOR | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / SUMOylation of intracellular receptors / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / SUMOylation of intracellular receptors / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Harrus, D. / Delfosse, V. / Bourguet, W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the synergistic activation of the RXR-PXR heterodimer by endocrine disruptor mixtures. 著者: Delfosse, V. / Huet, T. / Harrus, D. / Granell, M. / Bourguet, M. / Gardia-Parege, C. / Chiavarina, B. / Grimaldi, M. / Le Mevel, S. / Blanc, P. / Huang, D. / Gruszczyk, J. / Demeneix, B. / ...著者: Delfosse, V. / Huet, T. / Harrus, D. / Granell, M. / Bourguet, M. / Gardia-Parege, C. / Chiavarina, B. / Grimaldi, M. / Le Mevel, S. / Blanc, P. / Huang, D. / Gruszczyk, J. / Demeneix, B. / Cianferani, S. / Fini, J.B. / Balaguer, P. / Bourguet, W. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ax8C ![]() 7ax9C ![]() 7axaC ![]() 7axbC ![]() 7axcC ![]() 7axdC ![]() 7axfC ![]() 7axgC ![]() 7axhC ![]() 7axiC ![]() 7axjC ![]() 7axkC ![]() 7axlC ![]() 1ilgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36280.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-S6Z / |
#4: 化合物 | ChemComp-IPA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 - 100 mM imidazole 8 - 14% isopropanol / PH範囲: 7.0 - 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.85 Å / Num. obs: 29168 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 13.91 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4412 / Rrim(I) all: 0.676 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ILG 解像度: 1.9→45.85 Å / SU ML: 0.2456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.2794 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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