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- PDB-7aqm: ADP-ribosylserine hydrolase ARH3 of Latimeria chalumnae in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqm
タイトルADP-ribosylserine hydrolase ARH3 of Latimeria chalumnae in complex with alpha-1''-O-methyl-ADP-ribose (meADPr)
要素ADP-ribosylhydrolase like 2
キーワードHYDROLASE / ADP-ribosylserine hydrolase / ARH3 / Latimeria chalumnae / alpha-1''-O-methyl-ADP ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine ADP-deribosylation / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / negative regulation of necroptotic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / chromosome / mitochondrial matrix / DNA repair / magnesium ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RVK / ADP-ribosylhydrolase ARH3
類似検索 - 構成要素
生物種Latimeria chalumnae (シーラカンス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rack, J.G.M. / Zorzini, V. / Ahel, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust101794 英国
Wellcome Trust210634 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into the three steps of poly(ADP-ribosylation) reversal.
著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. ...著者: Rack, J.G.M. / Liu, Q. / Zorzini, V. / Voorneveld, J. / Ariza, A. / Honarmand Ebrahimi, K. / Reber, J.M. / Krassnig, S.C. / Ahel, D. / van der Marel, G.A. / Mangerich, A. / McCullagh, J.S.O. / Filippov, D.V. / Ahel, I.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylhydrolase like 2
B: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8238
ポリマ－76,5792
非ポリマー1,2446
水95553
1
A: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9114
ポリマ－38,2901
非ポリマー6223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
2
B: ADP-ribosylhydrolase like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9114
ポリマ－38,2901
非ポリマー6223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)66.825, 97.613, 107.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...
21(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLYGLY(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA8 - 342 - 28
12SERSERALAALA(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA35 - 3729 - 31
13PROPROLEULEU(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA8 - 3532 - 347
14PROPROLEULEU(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA8 - 3532 - 347
15PROPROLEULEU(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA8 - 3532 - 347
16PROPROLEULEU(chain A and (resid 8 through 34 or (resid 35...AA8 - 3532 - 347
21PROPROGLUGLU(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB8 - 532 - 47
22LYSLYSALAALA(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB54 - 5648 - 50
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB8 - 3532 - 347
24PROPROLEULEU(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB8 - 3532 - 347
25PROPROLEULEU(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB8 - 3532 - 347
26PROPROLEULEU(chain B and (resid 8 through 53 or (resid 54...BB8 - 3532 - 347

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylhydrolase like 2


分子量: 38289.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Latimeria chalumnae (シーラカンス)
遺伝子: ADPRHL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: H3BCW1, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N- ...参照: UniProt: H3BCW1, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, poly(ADP-ribose) glycohydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-RVK / Adenosine 5'-diphosphoric acid beta-[(3beta,4beta-dihydroxy-5beta-methoxytetrahydrofuran-2alpha-yl)methyl] estere / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-Aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2R,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-methoxyoxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / J3.653.949F / alpha-1''-O-methyl-ADP ribose / アデノシン5′-二りん酸β-[(3β,4β-ジヒドロキシ-5β-メトキシテトラヒドロフラン-2α-イル)メチル]


分子量: 573.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Na-citrate (pH 5) 200 mM ammonium acetate 22% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→56.72 Å / Num. obs: 30398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 54.17 Å2 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 393655
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible allRpim(I) allRrim(I) all
2.34-2.3811.90.214960.21399.1
6.35-56.7412.133.216731000.0180.063

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HH3

6hh3


解像度: 2.5→53.698 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 1971 7.98 %
Rwork0.2231 22724 -
obs0.2281 24695 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.66 Å2 / Biso mean: 74.4978 Å2 / Biso min: 30.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→53.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 78 53 5031
Biso mean--82.09 61.16 -
残基数----657
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2872X-RAY DIFFRACTION5.12TORSIONAL
12B2872X-RAY DIFFRACTION5.12TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.56250.40111370.3863156998
2.5625-2.63180.40981380.3505159499
2.6318-2.70930.41781350.334156498
2.7093-2.79670.35361380.3101158398
2.7967-2.89670.34471410.2889161599
2.8967-3.01260.34931400.2755160599
3.0126-3.14970.38581390.2676159199
3.1497-3.31580.34151370.2409162499
3.3158-3.52350.27221410.2231163199
3.5235-3.79540.25731400.2069161899
3.7954-4.17730.23121430.1822164099
4.1773-4.78140.25321420.174164899
4.7814-6.02280.26581480.21591682100
6.0228-53.6980.24211520.1879176099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9674-1.5960.88174.29151.52626.0030.2476-0.2552-0.20560.227-0.4111-0.05280.29980.05940.12570.28260.0590.02550.63490.26170.399912.962719.139115.5148
26.9925-1.83480.76037.3867-1.74176.38210.12392.037-0.4072-0.42310.01671.41510.0101-1.05-0.22110.4216-0.2002-0.12611.09870.04880.8985-3.666514.41388.1852
36.7365-1.3060.31993.0653-0.01912.26520.1654-0.316-1.4324-0.03680.09730.31630.19530.1346-0.24540.3655-0.0321-0.05940.65470.0840.657216.48164.041622.4943
44.50980.10664.04481.4604-1.16284.72090.5724-0.0332-1.66270.34720.4017-0.2460.46420.4881-0.51680.63340.2649-0.161.306-0.14491.665724.8171-7.559813.8178
57.0152-0.39721.08443.4923-0.02381.66630.23981.6132-0.6343-0.2244-0.1172-0.53330.12680.3508-0.11810.40850.0451-0.00971.38780.09020.639625.9819.87810.4125
63.23484.0299-1.16575.0173-1.31432.28870.32131.74480.7626-0.82560.3737-0.4559-0.24991.1218-0.910.68340.07160.152.07980.21280.690225.991319.6801-0.6818
72.251-0.72730.62672.8628-0.46331.94010.36321.4831-0.0917-0.4481-0.21250.2596-0.0830.1992-0.20910.45090.10510.0021.18330.10130.513112.116617.22896.1864
82-2.861222220.72954.6497-4.1652-9.4605-4.31563.19778.293-11.21583.57691.1292-0.1705-0.11750.9656-0.03620.618237.806124.240222.1767
98.78235.9994-5.61977.4967-5.19096.6155-0.1807-1.11670.1676-0.6509-0.2594-0.35920.24960.1620.41960.35310.0888-0.00760.3859-0.12240.5071-6.9193-18.45815.6252
102.7631-0.60980.36513.53941.20233.65320.09120.1592-0.1375-0.5257-0.325-0.4429-0.43750.9811-0.21410.47540.0677-0.01790.5297-0.08990.54351.0601-11.733815.658
113.434-0.68470.63042.2707-0.6471.23010.05410.36750.0939-0.0585-0.08650.3953-0.0566-0.44450.02580.45020.03950.00110.7958-0.03310.6747-17.7472-1.824614.3249
124.50180.24420.03414.2897-0.01642.34670.15030.9422-0.4643-0.7396-0.16140.00730.1081-0.46510.00970.66060.108-0.01611.2111-0.17070.6436-12.1548-14.614-3.5718
133.4152-0.2133-0.69021.2173-1.21792.6643-0.19440.2485-0.1653-0.11050.1692-0.2790.15140.19070.17160.48810.008-0.03040.6673-0.21380.5433-5.1768-19.836213.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 32 )A8 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 52 )A33 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 114 )A53 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 115 through 137 )A115 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 188 )A138 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 208 )A189 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 209 through 353 )A209 - 353
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 403 through 403 )A403
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 32 )B8 - 32
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 77 )B33 - 77
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 78 through 188 )B78 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 277 )B189 - 277
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 278 through 353 )B278 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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