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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7agn | ||||||
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タイトル | Human carbonic anhydrase II in complex with 4-(2-aminoethylsulfanyl)-2,3,5,6-tetrafluoro-N-methyl-benzenesulfonamide | ||||||
要素 | carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Paketuryte, V. / Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2021 タイトル: Structure and mechanism of secondary sulfonamide binding to carbonic anhydrases. 著者: Baronas, D. / Dudutiene, V. / Paketuryte, V. / Kairys, V. / Smirnov, A. / Juozapaitiene, V. / Vaskevicius, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Zubriene, A. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7agn.cif.gz | 494.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7agn.ent.gz | 405.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7agn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7agn_validation.pdf.gz | 448 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7agn_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7agn_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7agn_validation.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/7agn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 1352分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-RAK / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-BCN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystallization buffer: 0.1M sodium bicine (pH 9), 0.2M ammonium sulfate and 2M sodium malonate (pH 7) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.147→79.421 Å / Num. all: 296762 / Num. obs: 296762 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.102 / Net I/av σ(I): 1.9 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 1062546 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HT0 解像度: 1.15→69.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 167.85 Å2 / Biso mean: 16.849 Å2 / Biso min: 4.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→69.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.177 Å / Rfactor Rfree error: 0
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