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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aa1 | ||||||
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タイトル | Structural comparison of cellular retinoic acid binding proteins I and II in the presence and absence of natural and synthetic ligands | ||||||
![]() | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / CRABP / Retinoid / Retinoic Acid / DC645 | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Pohl, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-functional relationship of cellular retinoic acid-binding proteins I and II interacting with natural and synthetic ligands. 著者: Tomlinson, C.W.E. / Cornish, K.A.S. / Whiting, A. / Pohl, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15713.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-R62 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG based vapor diffusion |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.71→45.398 Å / Num. obs: 17775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18.8 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5OBG 解像度: 1.71→45.398 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.377 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.241 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.398 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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