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万見
- EMDB-75813: Human monoclonal antibodies 4C12 and 4H3 in complex with rabies v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75813
タイトルHuman monoclonal antibodies 4C12 and 4H3 in complex with rabies virus glycoprotein
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody RVA122 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody RVA122 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4H3 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4C12 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4H3 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4C12 Heavy Chain
キーワードRabies / Rabies virus glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lyssavirus rabies (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Callaway HM / Zyla D / Hastie K / Harkins S / Kothalawalage S / Samarasinghe S / Flynn A / Hariharan C / Yin J / Corti D ...Callaway HM / Zyla D / Hastie K / Harkins S / Kothalawalage S / Samarasinghe S / Flynn A / Hariharan C / Yin J / Corti D / Bouhry H / Dessain S / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antigenic landscape of rabies and related lyssaviruses revealed by cryo-EM
著者: Callaway HM / Zyla D / Hastie K / Harkins S / Kothalawalage S / Samarasinghe S / Flynn A / Hariharan C / Yin J / Corti D / Bouhry H / Dessain S / Saphire EO
履歴
登録2026年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年8月19日-
マップ公開2026年8月19日-
更新2026年8月19日-
現状2026年8月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.22427922 - 0.62313
平均 (標準偏差)0.00006998657 (±0.016740324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_75813_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_75813_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs

全体名称: Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs
要素
  • 複合体: Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody RVA122 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody RVA122 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4H3 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4C12 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4H3 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal Antibody 4C12 Heavy Chain

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超分子 #1: Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs

超分子名称: Complex of RABV-G pre-fusion trimers with RVA122, 4C12, and 4H3 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lyssavirus rabies (ウイルス)

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分子 #1: Monoclonal Antibody RVA122 Light Chain

分子名称: Monoclonal Antibody RVA122 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.44983 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QSVLTQSPSA SDTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNYVYWYQQF PGTAPKLLIY KSDKRPSGVP DRFSGSTSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDNRLSGW LFGGGTKLTV LGTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
QSVLTQSPSA SDTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNYVYWYQQF PGTAPKLLIY KSDKRPSGVP DRFSGSTSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDNRLSGW LFGGGTKLTV LGTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLRSPV TKSFNRGEC

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分子 #2: Monoclonal Antibody RVA122 Heavy Chain

分子名称: Monoclonal Antibody RVA122 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.196096 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSMN NFYWGWIRQP AGKGLEWIGY IYYSGTTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL KVNSVTAAD TAVYYCARDS GDYVSYYYYG MDVWGPGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSMN NFYWGWIRQP AGKGLEWIGY IYYSGTTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL KVNSVTAAD TAVYYCARDS GDYVSYYYYG MDVWGPGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDL EVDDDDKAGW SH PQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

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分子 #3: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lyssavirus rabies (ウイルス)
分子量理論値: 52.204164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KFPIYTIPDK LGPWSPIDIH HLSCPNNLVV EDEGCTNLSG FSYMELKVGY ISAIKMNGFT CTGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRP TPDACRAAYN WKMAGDPRYE ESLHNPYPDY HWLRTVKTTK ESLVIISPSV ADLDPYDRSL HSRVFPGGNC S GVAVSSTY ...文字列:
KFPIYTIPDK LGPWSPIDIH HLSCPNNLVV EDEGCTNLSG FSYMELKVGY ISAIKMNGFT CTGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRP TPDACRAAYN WKMAGDPRYE ESLHNPYPDY HWLRTVKTTK ESLVIISPSV ADLDPYDRSL HSRVFPGGNC S GVAVSSTY CSTNHDYTIW MPENPRLGMS CDIFTNSRGK RASKGSETCG FVDERGLYKS LKGACKLKLC GVLGLRLMDG TW VAMQTSN ETKWCPPGQL VNLHDFRSDE IEHLVVEELV KKREECLDAL ESIMTTKSVS FRRLSHLRKL VPGFGKAYTI FNK TLMEAD AHYKSVRTWN EIIPSKGCLR VGGRCHPHVN GVFFNGIILG PDGNVLIPEM QSSLLQQHME LLVSSVIPLM HPLA DPSTV FKNGDEAEDF VEVHLGWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKGSGSGL NDIFEAQKIE WHE

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #4: Monoclonal Antibody 4H3 Light Chain

分子名称: Monoclonal Antibody 4H3 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.911277 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNPVNWYQQL PGTAPKLLIY NNDQRPSGVP GRFSGSKSGT SASLEIRGLQ SEDEADYYC AAWHDSLNGW VFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP ...文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNPVNWYQQL PGTAPKLLIY NNDQRPSGVP GRFSGSKSGT SASLEIRGLQ SEDEADYYC AAWHDSLNGW VFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #5: Monoclonal Antibody 4C12 Light Chain

分子名称: Monoclonal Antibody 4C12 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.830113 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QSVLTQPPSA SATPGQRVTI SCSGSSSNVG SNTVDWYQQV PGTAPRLLIY GHNQRPSGVP DRFSNSQSGT SASLAISGLQ SGDEADYYC AVWDDSLTAW LFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP ...文字列:
QSVLTQPPSA SATPGQRVTI SCSGSSSNVG SNTVDWYQQV PGTAPRLLIY GHNQRPSGVP DRFSNSQSGT SASLAISGLQ SGDEADYYC AVWDDSLTAW LFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #6: Monoclonal Antibody 4H3 Heavy Chain

分子名称: Monoclonal Antibody 4H3 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.566633 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVRLVQSGAE MKKPGASVRV SCEASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLDYMGW MNPSSGIAIY APKFQGRVTM TRDTSISAAY MDLSRLRSD DTAIYYCARL YYYVSGSYWD DSDYWGQGTL VSVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVRLVQSGAE MKKPGASVRV SCEASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLDYMGW MNPSSGIAIY APKFQGRVTM TRDTSISAAY MDLSRLRSD DTAIYYCARL YYYVSGSYWD DSDYWGQGTL VSVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD LEVDDDDKAG WS HPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEK

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分子 #7: Monoclonal Antibody 4C12 Heavy Chain

分子名称: Monoclonal Antibody 4C12 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.76667 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSID SYYWSWVRQP PGKGLEWIGY IFYSGSTTYN PSLNSRVSIS VDTSKNQFSL HLSSVTAAD TAVYYCARVV NHYYESGGRY IHAEYFQYWG QGTLVAVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSID SYYWSWVRQP PGKGLEWIGY IFYSGSTTYN PSLNSRVSIS VDTSKNQFSL HLSSVTAAD TAVYYCARVV NHYYESGGRY IHAEYFQYWG QGTLVAVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDLEVDDD DK AGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHPQ FEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClSodium chloride
27.0 mMKClPotassium Chloride
100.0 mMNa2HPO4Sodium Phosphate
18.0 mMKH2PO4Potassium Phosphate
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 262318
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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