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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7347 | |||||||||
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タイトル | CRISPR RNA-guided surveillance complex, pre-nicking | |||||||||
マップデータ | CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas / Cascade / Cas3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / Thermobifida fusca (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao Y / Luo M | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure basis for RNA-guided DNA degradation by Cascade and Cas3. 著者: Yibei Xiao / Min Luo / Adam E Dolan / Maofu Liao / Ailong Ke / 要旨: Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and ...Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and the nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here, we present a 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Type I-E Cascade/R-loop/Cas3 complex, poised to initiate DNA degradation. Cas3 distinguishes Cascade conformations and only captures the R-loop-forming Cascade, to avoid cleaving partially complementary targets. Its nuclease domain recruits the nontarget strand (NTS) DNA at a bulged region for the nicking of single-stranded DNA. An additional 4.7-angstrom-resolution cryo-EM structure captures the postnicking state, in which the severed NTS retracts to the helicase entrance, to be threaded for adenosine 5'-triphosphate-dependent processive degradation. These snapshots form the basis for understanding RNA-guided DNA degradation in Type I-E CRISPR-Cas systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7347.map.gz | 60 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7347-v30.xml emd-7347.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7347.png | 109.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7347.cif.gz | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7347 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre...
+超分子 #1: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre...
+分子 #1: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
+分子 #2: CRISPR-associated protein, Cse1 family
+分子 #3: CRISPR-associated protein, Cse4 family
+分子 #4: Uncharacterized protein
+分子 #7: CRISPR-associated protein, Cas5e family
+分子 #9: CRISPR-associated protein, Cse3 family
+分子 #5: crRNA
+分子 #6: Target strand
+分子 #8: Nontarget strand
+分子 #10: FE (III) ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1428 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-6c66: |