+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7118 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Open state structure of the full-length TRPV2 cation channel with a resolved pore turret domain | |||||||||
マップデータ | WT rat TRPV2 ion channel in an open state and with a resolved pore turret domain. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | channel / TRP / cation / open / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / melanosome / lamellipodium / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Dosey TL / Wang Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of TRPV2 in distinct conformations provide insight into role of the pore turret. 著者: Timothy L Dosey / Zhao Wang / Guizhen Fan / Zhixian Zhang / Irina I Serysheva / Wah Chiu / Theodore G Wensel / 要旨: Cation channels of the transient receptor potential (TRP) family serve important physiological roles by opening in response to diverse intra- and extracellular stimuli that regulate their lower or ...Cation channels of the transient receptor potential (TRP) family serve important physiological roles by opening in response to diverse intra- and extracellular stimuli that regulate their lower or upper gates. Despite extensive studies, the mechanism coupling these gates has remained obscure. Previous structures have failed to resolve extracellular loops, known in the TRPV subfamily as 'pore turrets', which are proximal to the upper gates. We established the importance of the pore turret through activity assays and by solving structures of rat TRPV2, both with and without an intact turret at resolutions of 4.0 Å and 3.6 Å, respectively. These structures resolve the full-length pore turret and reveal fully open and partially open states of TRPV2, both with unoccupied vanilloid pockets. Our results suggest a mechanism by which physiological signals, such as lipid binding, can regulate the lower gate and couple to the upper gate through a pore-turret-facilitated mechanism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7118.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7118-v30.xml emd-7118.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7118_1.png emd_7118_2.png emd_7118_3.png emd_7118_4.png | 169.2 KB 166.6 KB 171.2 KB 246.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7118.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7118 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7118 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7118_validation.pdf.gz | 570.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7118_full_validation.pdf.gz | 569.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7118_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7118_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7118 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7118 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6bo4MC 7119C 6bo5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10247 (タイトル: TRPV2 ion channel gating through allosteric domain coupling revealed by cryo-EM Data size: 3.6 TB Data #1: TRPV2 WT with pore turret domain [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | WT rat TRPV2 ion channel in an open state and with a resolved pore turret domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPV2
全体 | 名称: TRPV2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: TRPV2
超分子 | 名称: TRPV2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 320 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 79.999422 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MVSANGDLHL PISNEQCMPE NNGSLGFEAP TPDRFDRDRL FSVVSRGVPE ELTGLLEYLR WNSKYLTDSA YTEGSTGKTC LMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KPLVNAQCTD EFYQGHSALH IAIEKRSLQC VKLLVENGAD VHLRACGRFF Q KHQGTCFY ...文字列: MVSANGDLHL PISNEQCMPE NNGSLGFEAP TPDRFDRDRL FSVVSRGVPE ELTGLLEYLR WNSKYLTDSA YTEGSTGKTC LMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KPLVNAQCTD EFYQGHSALH IAIEKRSLQC VKLLVENGAD VHLRACGRFF Q KHQGTCFY FGELPLSLAA CTKQWDVVTY LLENPHQPAS LEATDSLGNT VLHALVMIAD NSPENSALVI HMYDGLLQMG AR LCPTVQL EEISNHQGLT PLKLAAKEGK IEIFRHILQR EFSGPYQPLS RKFTEWCYGP VRVSLYDLSS VDSWEKNSVL EII AFHCKS PNRHRMVVLE PLNKLLQEKW DRLVSRFFFN FACYLVYMFI FTVVAYHQPS LDQPAIPSSK ATFGESMLLL GHIL ILLGG IYLLLGQLWY FWRRRLFIWI SFMDSYFEIL FLLQALLTVL SQVLRFMETE WYLPLLVLSL VLGWLNLLYY TRGFQ HTGI YSVMIQKVIL RDLLRFLLVY LVFLFGFAVA LVSLSREARS PKAPEDNNST VTEQPTVGQE EEPAPYRSIL DASLEL FKF TIGMGELAFQ EQLRFRGVVL LLLLAYVLLT YVLLLNMLIA LMSETVNHVA DNSWSIWKLQ KAISVLEMEN GYWWCRR KK HREGRLLKVG TRGDGTPDER WCFRVEEVNW AAWEKTLPTL SEDPTETSQV APASTOP UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 298 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |