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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zfb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (dimer) | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION/DNA/RNA / DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / BACTERIAL / Helicase | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoid / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA helicase / protein dimerization activity ...nucleoid / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA helicase / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pei, H.-P. / Hilal, T. / Huang, Y.-H. / Said, N. / Loll, B. / Wahl, M.C. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: The δ subunit and NTPase HelD institute a two-pronged mechanism for RNA polymerase recycling. 著者: Hao-Hong Pei / Tarek Hilal / Zhuo A Chen / Yong-Heng Huang / Yuan Gao / Nelly Said / Bernhard Loll / Juri Rappsilber / Georgiy A Belogurov / Irina Artsimovitch / Markus C Wahl / 要旨: Cellular RNA polymerases (RNAPs) can become trapped on DNA or RNA, threatening genome stability and limiting free enzyme pools, but how RNAP recycling into active states is achieved remains elusive. ...Cellular RNA polymerases (RNAPs) can become trapped on DNA or RNA, threatening genome stability and limiting free enzyme pools, but how RNAP recycling into active states is achieved remains elusive. In Bacillus subtilis, the RNAP δ subunit and NTPase HelD have been implicated in RNAP recycling. We structurally analyzed Bacillus subtilis RNAP-δ-HelD complexes. HelD has two long arms: a Gre cleavage factor-like coiled-coil inserts deep into the RNAP secondary channel, dismantling the active site and displacing RNA, while a unique helical protrusion inserts into the main channel, prying the β and β' subunits apart and, aided by δ, dislodging DNA. RNAP is recycled when, after releasing trapped nucleic acids, HelD dissociates from the enzyme in an ATP-dependent manner. HelD abundance during slow growth and a dimeric (RNAP-δ-HelD) structure that resembles hibernating eukaryotic RNAP I suggest that HelD might also modulate active enzyme pools in response to cellular cues. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zfb.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zfb.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zfb_validation.pdf.gz | 811 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zfb_full_validation.pdf.gz | 828.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zfb_validation.xml.gz | 165.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zfb_validation.cif.gz | 259.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 DdUVuvXxYy
#1: タンパク質 | 分子量: 16359.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P12464*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 34842.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: A0A063XB83, UniProt: P20429*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 133847.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: Due to limited quality of the electron density, we were only able to trace some of the protein main chain as poly-Ala 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: A0A2J0WBQ0, UniProt: P37870*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | 分子量: 134444.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: A0A063XB23, UniProt: P37871*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 EeHh
#2: タンパク質 | 分子量: 8228.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A410WI33, UniProt: O31718*PLUS #6: タンパク質 | 分子量: 90052.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: A0A164TSE8, UniProt: O32215*PLUS, DNA helicase |
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-非ポリマー , 1種, 2分子
#7: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA POLYMERASE in complex with HelD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176374 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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