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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x6j | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of CagX and CagY within the Helicobacter pylori PR | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Helicobacter / T4SS / Secretion | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sheedlo, M.J. / Chung, J.M. / Sawhney, N. / Durie, C.L. / Cover, T.L. / Ohi, M.D. / Lacy, D.B. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM reveals species-specific components within the Cag type IV secretion system core complex. 著者: Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Neha Sawhney / Clarissa L Durie / Timothy L Cover / Melanie D Ohi / D Borden Lacy / 要旨: The pathogenesis of -associated gastric cancer is dependent on delivery of CagA into host cells through a type IV secretion system (T4SS). The Cag T4SS includes a large membrane-spanning core ...The pathogenesis of -associated gastric cancer is dependent on delivery of CagA into host cells through a type IV secretion system (T4SS). The Cag T4SS includes a large membrane-spanning core complex containing five proteins, organized into an outer membrane cap (OMC), a periplasmic ring (PR) and a stalk. Here, we report cryo-EM reconstructions of a core complex lacking Cag3 and an improved map of the wild-type complex. We define the structures of two unique species-specific components (Cag3 and CagM) and show that Cag3 is structurally similar to CagT. Unexpectedly, components of the OMC are organized in a 1:1:2:2:5 molar ratio (CagY:CagX:CagT:CagM:Cag3). CagX and CagY are components of both the OMC and the PR and bridge the symmetry mismatch between these regions. These results reveal that assembly of the T4SS core complex is dependent on incorporation of interwoven species-specific components. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x6j.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x6j.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6x6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6x6j_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6x6j_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6x6j_validation.xml.gz | 140.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6x6j_validation.cif.gz | 208.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60607.324 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 参照: UniProt: O25263 #2: タンパク質 | 分子量: 219748.641 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 参照: UniProt: O25262 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Helicobacter pylori Cag T4SS PR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20929 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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