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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wcb | ||||||
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タイトル | Human open state TMEM175 in CsCl | ||||||
要素 | Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Ion Channel / Lysosome / Potassium Channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis ...lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / lysosome / endosome membrane / endosome / lysosomal membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Oh, S. / Paknejad, N. / Hite, R.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Gating and selectivity mechanisms for the lysosomal K channel TMEM175. 著者: SeCheol Oh / Navid Paknejad / Richard K Hite / 要旨: Transmembrane protein 175 (TMEM175) is a K-selective ion channel expressed in lysosomal membranes, where it establishes a membrane potential essential for lysosomal function and its dysregulation is ...Transmembrane protein 175 (TMEM175) is a K-selective ion channel expressed in lysosomal membranes, where it establishes a membrane potential essential for lysosomal function and its dysregulation is associated with the development of Parkinson's Disease. TMEM175 is evolutionarily distinct from all known channels, predicting novel ion-selectivity and gating mechanisms. Here we present cryo-EM structures of human TMEM175 in open and closed conformations, enabled by resolutions up to 2.6 Å. Human TMEM175 adopts a homodimeric architecture with a central ion-conduction pore lined by the side chains of the pore-lining helices. Conserved isoleucine residues in the center of the pore serve as the gate in the closed conformation. In the widened channel in the open conformation, these same residues establish a constriction essential for K selectivity. These studies reveal the mechanisms of permeation, selectivity and gating and lay the groundwork for understanding the role of TMEM175 in lysosomal function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wcb.cif.gz | 248.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wcb.ent.gz | 202.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wcb_validation.pdf.gz | 773.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wcb_full_validation.pdf.gz | 776.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wcb_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wcb_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55667.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM175 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSA9 #2: 化合物 | ChemComp-CS / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human open state TMEM175 in CsCl / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Dimeric channels | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 4 seconds prior to plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 61 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4275219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94653 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC |