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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s2o | ||||||
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タイトル | Granulovirus occlusion bodies by serial electron diffraction | ||||||
要素 | Granulin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / granulovirus / occlusion body / serial crystallography | ||||||
機能・相同性 | Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Granulin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Buecker, R. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Hogan-Lamarre, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Serial protein crystallography in an electron microscope. 著者: Robert Bücker / Pascal Hogan-Lamarre / Pedram Mehrabi / Eike C Schulz / Lindsey A Bultema / Yaroslav Gevorkov / Wolfgang Brehm / Oleksandr Yefanov / Dominik Oberthür / Günther H Kassier / R J Dwayne Miller / 要旨: Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample ...Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample delivery techniques are required. On the other hand, rotation electron diffraction (MicroED) has shown great potential as an alternative means for protein nano-crystallography. Here, we present a method for serial electron diffraction of protein nanocrystals combining the benefits of both approaches. In a scanning transmission electron microscope, crystals randomly dispersed on a sample grid are automatically mapped, and a diffraction pattern at fixed orientation is recorded from each at a high acquisition rate. Dose fractionation ensures minimal radiation damage effects. We demonstrate the method by solving the structure of granulovirus occlusion bodies and lysozyme to resolutions of 1.55 Å and 1.80 Å, respectively. Our method promises to provide rapid structure determination for many classes of materials with minimal sample consumption, using readily available instrumentation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s2o.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s2o.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s2o_validation.pdf.gz | 579.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s2o_full_validation.pdf.gz | 579.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6s2o_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s2o_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29378.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexico/1963) (ウイルス) 株: isolate Mexico/1963 発現宿主: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) (ウイルス) 参照: UniProt: P87577 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 5 µm / アライメント法: OTHER |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 93 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.01 sec. / 電子線照射量: 4.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / Num. of diffraction images: 32000 / 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 50 µm / 横: 1536 / 縦: 512 |
EM回折 | カメラ長: 2580 mm / Tilt angle list: 0 |
EM回折 シェル | 解像度: 10→1.55 Å / フーリエ空間範囲: 1 % / 多重度: 1 / 構造因子数: 1 / 位相残差: 1 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 100 % / 再高解像度: 1.6 Å / 測定した強度の数: 9650574 / 構造因子数: 23422 / 位相誤差: 13.64 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.093 / Rsym: 0.093 |
反射 | Biso Wilson estimate: 16.07 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 103.2 Å / B: 103.2 Å / C: 103.2 Å / 空間群名: I23 / 空間群番号: 197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: Data reduction and structure solution using X-ray crystallography codes (CrystFEL, Phaser, cctbx.xfel, Coot) タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5G0Z PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 6-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.55→72.97 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.1215 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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