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- PDB-6rbe: State 2 of yeast Tsr1-TAP Rps20-Deltaloop pre-40S particles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rbe
タイトルState 2 of yeast Tsr1-TAP Rps20-Deltaloop pre-40S particles
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • 18S ribosomal RNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
キーワードRIBOSOME / pre-40S / yeast / cytoplasmic / mutant Rps20
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / translational readthrough / positive regulation of translational fidelity / : / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / translational readthrough / positive regulation of translational fidelity / : / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nonfunctional rRNA decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / positive regulation of protein kinase activity / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of translational frameshifting / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled cytosolic ribosome / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S8e, subdomain / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N ...Ribosomal protein S8e, subdomain / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S10 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L30/S12 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Single Sheet / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS10A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Shayan, R. / Mitterer, V. / Ferreira-Cerca, S. / Murat, G. / Enne, T. / Rinaldi, D. / Weigl, S. / Omanic, H. / Gleizes, P.E. / Kressler, D. ...Shayan, R. / Mitterer, V. / Ferreira-Cerca, S. / Murat, G. / Enne, T. / Rinaldi, D. / Weigl, S. / Omanic, H. / Gleizes, P.E. / Kressler, D. / Pertschy, B. / Plisson-Chastang, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyRIBOMAN フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Conformational proofreading of distant 40S ribosomal subunit maturation events by a long-range communication mechanism.
著者: Valentin Mitterer / Ramtin Shayan / Sébastien Ferreira-Cerca / Guillaume Murat / Tanja Enne / Dana Rinaldi / Sarah Weigl / Hajrija Omanic / Pierre-Emmanuel Gleizes / Dieter Kressler / Celia ...著者: Valentin Mitterer / Ramtin Shayan / Sébastien Ferreira-Cerca / Guillaume Murat / Tanja Enne / Dana Rinaldi / Sarah Weigl / Hajrija Omanic / Pierre-Emmanuel Gleizes / Dieter Kressler / Celia Plisson-Chastang / Brigitte Pertschy /
要旨: Eukaryotic ribosomes are synthesized in a hierarchical process driven by a plethora of assembly factors, but how maturation events at physically distant sites on pre-ribosomes are coordinated is ...Eukaryotic ribosomes are synthesized in a hierarchical process driven by a plethora of assembly factors, but how maturation events at physically distant sites on pre-ribosomes are coordinated is poorly understood. Using functional analyses and cryo-EM, we show that ribosomal protein Rps20 orchestrates communication between two multi-step maturation events across the pre-40S subunit. Our study reveals that during pre-40S maturation, formation of essential contacts between Rps20 and Rps3 permits assembly factor Ltv1 to recruit the Hrr25 kinase, thereby promoting Ltv1 phosphorylation. In parallel, a deeply buried Rps20 loop reaches to the opposite pre-40S side, where it stimulates Rio2 ATPase activity. Both cascades converge to the final maturation steps releasing Rio2 and phosphorylated Ltv1. We propose that conformational proofreading exerted via Rps20 constitutes a checkpoint permitting assembly factor release and progression of pre-40S maturation only after completion of all earlier maturation steps.
履歴
登録2019年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4793
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
A: 40S ribosomal protein S0-A
B: 40S ribosomal protein S1-A
C: 40S ribosomal protein S2
E: 40S ribosomal protein S4-A
G: 40S ribosomal protein S6-A
H: 40S ribosomal protein S7-A
I: 40S ribosomal protein S8-A
J: 40S ribosomal protein S9-A
L: 40S ribosomal protein S11-A
N: 40S ribosomal protein S13
O: 40S ribosomal protein S14-A
R: 40S ribosomal protein S17-A
V: 40S ribosomal protein S21-A
W: 40S ribosomal protein S22-A
X: 40S ribosomal protein S23-A
Y: 40S ribosomal protein S24-A
b: 40S ribosomal protein S27-A
d: 40S ribosomal protein S29-A
e: 40S ribosomal protein S30-A
D: 40S ribosomal protein S3
F: 40S ribosomal protein S5
K: 40S ribosomal protein S10-A
M: 40S ribosomal protein S12
P: 40S ribosomal protein S15
Q: 40S ribosomal protein S16-A
S: 40S ribosomal protein S18-A
T: 40S ribosomal protein S19-A
U: 40S ribosomal protein S20
Z: 40S ribosomal protein S25-A
c: 40S ribosomal protein S28-A
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
g: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,57433
ポリマ－1,161,57433
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: GenBank: 1262303

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 ABCEGHIJLNORVWXYbdeDFKMPQSTUZc

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32905
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P33442
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P25443
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX37
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26786
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05756
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P06367
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / RP51A / Small ribosomal subunit protein eS17-A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P02407
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0V8
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P35997
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX33
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05750
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q08745
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P48589
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX55
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07280
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38701
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E792
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E7X9

-
タンパク質 , 2種, 2分子 fg

#32: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05759
#33: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38011

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2-S20DeltaLoop State 2 of yeast pre-40S particles purified with Tsr1-TAP as bait, in mutant conditions (deletion of aa 68-78 of Rps20)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA, 30sec / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot 1.7-1.9 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 32.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6480
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION2.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
14REFMAC5モデル精密化
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 645109
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42901 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14V88

4v88

14V881PDBexperimental model
21
31
精密化最高解像度: 3.8 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00777723
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.226113478
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.50243139
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0614238
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0087955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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