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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pw5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in Nanodiscs | ||||||
要素 | TRP-like ion channel | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Ion Channels / Membrane Protein / TRP Channels | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | ||||||
データ登録者 | McGoldrick, L.L. / Singh, A.K. / Sobolevsky, A.I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the thermo-sensitive TRP channel TRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Luke L McGoldrick / Appu K Singh / Lusine Demirkhanyan / Ting-Yu Lin / Ryan G Casner / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky / 要旨: Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by ...Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by which algae can detect and respond to changes in their environments can rely on membrane receptors, including TRP ion channels. Here we present a 3.5-Å resolution cryo-EM structure of the transient receptor potential (TRP) channel crTRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii that opens in response to increased temperature and is positively regulated by the membrane lipid PIP. The structure of crTRP1 significantly deviates from the structures of other TRP channels and has a unique 2-fold symmetrical rose-shape architecture with elbow domains and ankyrin repeat domains submerged and dipping into the membrane, respectively. Our study provides a structure of a TRP channel from a micro-organism and a structural framework for better understanding algae biology and TRP channel evolution. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pw5.cif.gz | 540.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pw5.ent.gz | 457.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pw5_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pw5_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pw5_validation.xml.gz | 87.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pw5_validation.cif.gz | 126.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/6pw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/6pw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99538.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CHLRE_10g452950v5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0Z852 #2: 化合物 | ChemComp-PIO / [( #3: 化合物 | ChemComp-PCW / #4: 化合物 | ChemComp-PIK / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: crTRP1 in nanodiscs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM BME |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255973 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |