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- PDB-6po6: MicroED Structure of a Natural Product VFAThiaGlu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6po6
タイトルMicroED Structure of a Natural Product VFAThiaGlu
要素YFAThiaGlu
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Ribosomal synthesized small peptide / MicroED / microcrystal electron diffraction
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法電子線結晶学 / AB_INITIO / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1 Å
データ登録者Halaby, S. / Gonen, T. / Ting, C.P. / Funk, M.A. / van der Donk, W.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37 GM058822 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)F32 GM129944 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)F32 GM120868 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Use of a scaffold peptide in the biosynthesis of amino acid-derived natural products.
著者: Chi P Ting / Michael A Funk / Steve L Halaby / Zhengan Zhang / Tamir Gonen / Wilfred A van der Donk /
要旨: Genome sequencing of environmental bacteria allows identification of biosynthetic gene clusters encoding unusual combinations of enzymes that produce unknown natural products. We identified a pathway ...Genome sequencing of environmental bacteria allows identification of biosynthetic gene clusters encoding unusual combinations of enzymes that produce unknown natural products. We identified a pathway in which a ribosomally synthesized small peptide serves as a scaffold for nonribosomal peptide extension and chemical modification. Amino acids are transferred to the carboxyl terminus of the peptide through adenosine triphosphate and amino acyl-tRNA-dependent chemistry that is independent of the ribosome. Oxidative rearrangement, carboxymethylation, and proteolysis of a terminal cysteine yields an amino acid-derived small molecule. Microcrystal electron diffraction demonstrates that the resulting product is isosteric to glutamate. We show that a similar peptide extension is used during the biosynthesis of the ammosamides, which are cytotoxic pyrroloquinoline alkaloids. These results suggest an alternative paradigm for biosynthesis of amino acid-derived natural products.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20411
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20411
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YFAThiaGlu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4831
ポリマ－4831
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.660, 9.580, 12.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド YFAThiaGlu


分子量: 482.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas syringae (バクテリア)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: NITROGEN

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1100 mm
EM回折 シェル解像度: 0.9→0.93 Å / フーリエ空間範囲: 92.8 % / 多重度: 2.25 / 構造因子数: 642 / 位相残差: 15 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 95.4 % / 再高解像度: 0.9 Å / 測定した強度の数: 7590 / 構造因子数: 3047 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 15 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 23.5 / Rsym: 23.5
反射最高解像度: 1 Å / Num. obs: 2262 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 5.908 Å2 / CC1/2: 0.927 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rrim(I) all: 0.27 / Χ2: 0.838 / Net I/σ(I): 3.74 / Num. measured all: 5689
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1-1.040.4052.047773193080.6140.50796.6
1.04-1.10.3182.496382622470.7040.39594.3
1.1-1.150.2263.225842422340.8760.28496.7
1.15-1.220.2563.226312632490.8740.31794.7
1.22-1.310.2763.295092142060.7470.34696.3
1.31-1.410.2313.915522282140.8510.28993.9
1.41-1.550.2154.224822021970.850.2797.5
1.55-1.730.2314.834441811750.8410.28596.7
1.73-20.1755.313701581500.9060.22294.9
2-2.450.1715.883321361300.9340.21195.6
2.45-3.460.1665.97240101990.8850.21198
3.460.1955.9513055530.9490.24196.4

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解析

ソフトウェア名称: SHELX / 分類: 精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 94 ° / ∠γ: 90 ° / A: 9.66 Å / B: 9.58 Å / C: 12.14 Å / 空間群名: 4 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 3.746 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化構造決定の手法: AB_INITIO / 解像度: 1→12.11 Å / 交差検証法: NONE /
反射数%反射
obs2262 95.8 %
原子変位パラメータBiso max: 8.69 Å2 / Biso mean: 3.7459 Å2 / Biso min: 1.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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