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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o84 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of OTOP3 from xenopus tropicalis | ||||||||||||||||||
要素 | LOC100127796 protein,LOC100127796 protein,OTOP3,LOC100127796 protein,LOC100127796 protein | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Otopetrin / proton / channel | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Otopetrin / Otopetrin / proton channel activity / proton transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane / Proton channel OTOP3 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, Q.F. / Bai, X.C. / Jiang, Y.X. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structural and functional characterization of an otopetrin family proton channel. 著者: Qingfeng Chen / Weizhong Zeng / Ji She / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang / 要旨: The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as proton channels. Here we present the cryo-EM structure of OTOP3 from (XtOTOP3) along with functional characterization of the channel. ...The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as proton channels. Here we present the cryo-EM structure of OTOP3 from (XtOTOP3) along with functional characterization of the channel. XtOTOP3 forms a homodimer with each subunit containing 12 transmembrane helices that can be divided into two structurally homologous halves; each half assembles as an α-helical barrel that could potentially serve as a proton conduction pore. Both pores open from the extracellular half before becoming occluded at a central constriction point consisting of three highly conserved residues - Gln-Asp/Asn-Tyr (the constriction triads). Mutagenesis shows that the constriction triad from the second pore is less amenable to perturbation than that of the first pore, suggesting an unequal contribution between the two pores to proton transport. We also identified several key residues at the interface between the two pores that are functionally important, particularly Asp509, which confers intracellular pH-dependent desensitization to OTOP channels. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o84.cif.gz | 152.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o84.ent.gz | 116 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o84_validation.pdf.gz | 901.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o84_full_validation.pdf.gz | 904 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6o84_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o84_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o84 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73352.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) 遺伝子: otop3, LOC100127796 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A9JTM7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Xenopus tropicalis OTOP3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.077 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pEZT |
緩衝液 | pH: 8 詳細: Solutions were made fresh from stock solutions and filtered. |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 46730 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: 30 frames per movie stack were saved for motion correction. | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: The CTF correction was performed during the map refinement in RELION. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1433949 / 詳細: The particles were auto-picked in RELION. | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212551 / 対称性のタイプ: POINT |