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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nym | ||||||||||||
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タイトル | Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 2d (OA-2d) | ||||||||||||
![]() | Vacuolating cytotoxin autotransporter | ||||||||||||
![]() | TOXIN / Helicobacter pylori / vacuolating cytotoxin A / pore-forming toxin | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cell outer membrane / toxin activity / periplasmic space / cell surface / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
![]() | Zhang, K. / Zhang, H. / Li, S. / Au, S. / Chiu, W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of vacuolating cytotoxin A oligomeric assemblies at near-atomic resolution. 著者: Kaiming Zhang / Huawei Zhang / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Tung-Chung Mou / Yuanzhu Gao / Qinfen Zhang / Henry van den Bedem / Michael F Schmid / Shannon Wing Ngor Au / Wah Chiu / ![]() ![]() 要旨: Human gastric pathogen () is the primary risk factor for gastric cancer and is one of the most prevalent carcinogenic infectious agents. Vacuolating cytotoxin A (VacA) is a key virulence factor ...Human gastric pathogen () is the primary risk factor for gastric cancer and is one of the most prevalent carcinogenic infectious agents. Vacuolating cytotoxin A (VacA) is a key virulence factor secreted by and induces multiple cellular responses. Although structural and functional studies of VacA have been extensively performed, the high-resolution structure of a full-length VacA protomer and the molecular basis of its oligomerization are still unknown. Here, we use cryoelectron microscopy to resolve 10 structures of VacA assemblies, including monolayer (hexamer and heptamer) and bilayer (dodecamer, tridecamer, and tetradecamer) oligomers. The models of the 88-kDa full-length VacA protomer derived from the near-atomic resolution maps are highly conserved among different oligomers and show a continuous right-handed β-helix made up of two domains with extensive domain-domain interactions. The specific interactions between adjacent protomers in the same layer stabilizing the oligomers are well resolved. For double-layer oligomers, we found short- and/or long-range hydrophobic interactions between protomers across the two layers. Our structures and other previous observations lead to a mechanistic model wherein VacA hexamer would correspond to the prepore-forming state, and the N-terminal region of VacA responsible for the membrane insertion would undergo a large conformational change to bring the hydrophobic transmembrane region to the center of the oligomer for the membrane channel formation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0546MC ![]() 0542C ![]() 0543C ![]() 0544C ![]() 0545C ![]() 0547C ![]() 0548C ![]() 0549C ![]() 0550C ![]() 0551C ![]() 6nyfC ![]() 6nygC ![]() 6nyjC ![]() 6nylC ![]() 6nynC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.9 TB Data #1: Helicobacter pylori vacuolating cytotoxin A [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88463.211 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 2d (OA-2d) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.088 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: VacA OA-2d |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 13708 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 540214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31625 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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