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- PDB-6mti: Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mti
タイトルSynaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+
要素
  • (Synaptosomal-associated protein ...) x 2
  • (Synaptotagmin- ...) x 2
  • Syntaxin-1A
  • Vesicle-associated membrane protein 2
キーワードEXOCYTOSIS / SNARE / lipid nanotubes
機能・相同性
機能・相同性情報


exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / BLOC-1 complex ...exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / regulation of vesicle fusion / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / BLOC-1 complex / positive regulation of vesicle fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / myosin head/neck binding / chromaffin granule membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / zymogen granule membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / storage vacuole / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / extrinsic component of presynaptic membrane / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of norepinephrine secretion / calcium ion sensor activity / positive regulation of catecholamine secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle docking / eosinophil degranulation / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / regulated exocytosis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / vesicle-mediated transport in synapse / regulation of establishment of protein localization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / protein heterooligomerization / positive regulation of intracellular protein transport / vesicle organization / ribbon synapse / positive regulation of dendrite extension / vesicle docking / regulation of vesicle-mediated transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of exocytosis / chloride channel inhibitor activity / secretion by cell / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of dopamine secretion / SNARE complex / SNAP receptor activity / calcium-ion regulated exocytosis / vesicle fusion / actomyosin / hormone secretion / LGI-ADAM interactions / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / positive regulation of hormone secretion / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / Golgi to plasma membrane protein transport / ATP-dependent protein binding / neurotransmitter secretion / protein localization to membrane / clathrin-coated vesicle / presynaptic active zone / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / regulation of synaptic vesicle recycling / insulin secretion / Neutrophil degranulation / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of synapse assembly / neurotransmitter transport / myosin binding / response to gravity / regulation of neuron projection development / synaptic vesicle priming / regulation of synaptic vesicle exocytosis / exocytosis / regulation of dopamine secretion / modulation of excitatory postsynaptic potential / protein sumoylation / positive regulation of exocytosis
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin signature. / Synaptotagmin / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / Synaptobrevin-like / SNAP-25 family / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin signature. / Synaptotagmin / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / Synaptobrevin-like / SNAP-25 family / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-1 / Syntaxin-1A / Synaptosomal-associated protein 25 / Vesicle-associated membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Grushin, K. / Wang, J. / Coleman, J. / Rothman, J. / Sindelar, C. / Krishnakumar, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK027044 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the clamping and Ca activation of SNARE-mediated fusion by synaptotagmin.
著者: Kirill Grushin / Jing Wang / Jeff Coleman / James E Rothman / Charles V Sindelar / Shyam S Krishnakumar /
要旨: Synapotagmin-1 (Syt1) interacts with both SNARE proteins and lipid membranes to synchronize neurotransmitter release to calcium (Ca) influx. Here we report the cryo-electron microscopy structure of ...Synapotagmin-1 (Syt1) interacts with both SNARE proteins and lipid membranes to synchronize neurotransmitter release to calcium (Ca) influx. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the Syt1-SNARE complex on anionic-lipid containing membranes. Under resting conditions, the Syt1 C2 domains bind the membrane with a magnesium (Mg)-mediated partial insertion of the aliphatic loops, alongside weak interactions with the anionic lipid headgroups. The C2B domain concurrently interacts the SNARE bundle via the 'primary' interface and is positioned between the SNAREpins and the membrane. In this configuration, Syt1 is projected to sterically delay the complete assembly of the associated SNAREpins and thus, contribute to clamping fusion. This Syt1-SNARE organization is disrupted upon Ca-influx as Syt1 reorients into the membrane, likely displacing the attached SNAREpins and reversing the fusion clamp. We thus conclude that the cation (Mg/Ca) dependent membrane interaction is a key determinant of the dual clamp/activator function of Synaptotagmin-1.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9231
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9231
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Synaptotagmin-1
2: Synaptotagmin-1
3: Synaptotagmin-1
4: Synaptotagmin-1
5: Synaptotagmin-1
6: Synaptotagmin-1
A: Vesicle-associated membrane protein 2
B: Syntaxin-1A
C: Synaptosomal-associated protein 25
D: Synaptosomal-associated protein 25
E: Vesicle-associated membrane protein 2
F: Syntaxin-1A
G: Synaptosomal-associated protein 25
H: Synaptosomal-associated protein 25
I: Vesicle-associated membrane protein 2
J: Syntaxin-1A
K: Synaptosomal-associated protein 25
L: Synaptosomal-associated protein 25
M: Vesicle-associated membrane protein 2
N: Syntaxin-1A
O: Synaptosomal-associated protein 25
P: Synaptosomal-associated protein 25
Q: Vesicle-associated membrane protein 2
R: Syntaxin-1A
S: Synaptosomal-associated protein 25
T: Synaptosomal-associated protein 25
U: Vesicle-associated membrane protein 2
V: Syntaxin-1A
W: Synaptosomal-associated protein 25
X: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,96440
ポリマ－347,72130
非ポリマー24310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area88630 Å2
ΔGint-735 kcal/mol
Surface area145330 Å2

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要素

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Synaptotagmin- ... , 2種, 6分子 162345

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 14654.769 Da / 分子数: 2 / 断片: C2A domain, residues 141-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707
#2: タンパク質
Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 32247.197 Da / 分子数: 4 / 断片: C2A and C2B domains, residues 141-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707

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タンパク質 , 2種, 12分子 AEIMQUBFJNRV

#3: タンパク質
Vesicle-associated membrane protein 2 / VAMP-2 / Synaptobrevin-2


分子量: 7231.061 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 28-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vamp2, Syb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63045
#4: タンパク質
Syntaxin-1A / Neuron-specific antigen HPC-1 / Synaptotagmin-associated 35 kDa protein / P35A


分子量: 7837.957 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 191-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stx1a, Sap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32851

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Synaptosomal-associated protein ... , 2種, 12分子 CGKOSWDHLPTX

#5: タンパク質
Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 9030.114 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 7-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881
#6: タンパク質
Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 7471.368 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 141-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881

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非ポリマー , 1種, 10分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Synaptotagmin-1 C2A and C2B domains in the complex with SNARE proteins on the surface of lipid membrane nanotube
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: Situs / カテゴリ: モデルフィッティング
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 78.48 ° / 軸方向距離/サブユニット: 7.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2082 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 5CCI

5cci


Accession code: 5CCI / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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