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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mcb | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of AcrIIA2 in complex with CRISPR-Cas9 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA/VIRAL PROTEIN / CRISPR-Cas / Cas9 / Cas9 inhibitors / anti-CRISPR / AcrIIA2 / bacteriophage / gene editing / HYDROLASE-RNA-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Jiang, F. / Liu, J.J. / Doudna, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Temperature-Responsive Competitive Inhibition of CRISPR-Cas9. 著者: Fuguo Jiang / Jun-Jie Liu / Beatriz A Osuna / Michael Xu / Joel D Berry / Benjamin J Rauch / Eva Nogales / Joseph Bondy-Denomy / Jennifer A Doudna / ![]() 要旨: CRISPR-Cas immune systems utilize RNA-guided nucleases to protect bacteria from bacteriophage infection. Bacteriophages have in turn evolved inhibitory "anti-CRISPR" (Acr) proteins, including six ...CRISPR-Cas immune systems utilize RNA-guided nucleases to protect bacteria from bacteriophage infection. Bacteriophages have in turn evolved inhibitory "anti-CRISPR" (Acr) proteins, including six inhibitors (AcrIIA1-AcrIIA6) that can block DNA cutting and genome editing by type II-A CRISPR-Cas9 enzymes. We show here that AcrIIA2 and its more potent homolog, AcrIIA2b, prevent Cas9 binding to DNA by occluding protein residues required for DNA binding. Cryo-EM-determined structures of AcrIIA2 or AcrIIA2b bound to S. pyogenes Cas9 reveal a mode of competitive inhibition of DNA binding that is distinct from other known Acrs. Differences in the temperature dependence of Cas9 inhibition by AcrIIA2 and AcrIIA2b arise from differences in both inhibitor structure and the local inhibitor-binding environment on Cas9. These findings expand the natural toolbox for regulating CRISPR-Cas9 genome editing temporally, spatially, and conditionally. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 254.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 37642.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 158685.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas9, M1GAS476_0830 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: J7M7J1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
#3: タンパク質 | 分子量: 14167.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 30 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.1% glycerol | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: SpyCas9-sgRNA-AcrIIA2 complex | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-2/0.5 4C | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 43.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263270 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4ZT0 Accession code: 4ZT0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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