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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m6g | ||||||
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タイトル | Structure of HSV2 viron capsid portal vertex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HSV2 / Portal vertex / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus ...T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.39 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.X. / Wang, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structures of the portal vertex reveal essential protein-protein interactions for Herpesvirus assembly and maturation. 著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong ...著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m6g.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m6g.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m6g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m6g_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m6g_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6m6g_validation.xml.gz | 254.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m6g_validation.cif.gz | 390 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 5
2 |
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称)) |
-要素
-タンパク質 , 5種, 16分子 BCDEFIGMQTUVLPno
#1: タンパク質 | 分子量: 149398.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P89442 #2: タンパク質 | 分子量: 12117.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G9I257 #4: タンパク質 | | 分子量: 7166.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) #5: タンパク質 | | 分子量: 7422.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) #9: タンパク質 | 分子量: 330425.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P89459, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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-Triplex capsid protein ... , 2種, 3分子 KOS
#3: タンパク質 | 分子量: 34373.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G9I239 #6: タンパク質 | | 分子量: 50566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G9I260 |
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-Capsid vertex component ... , 2種, 3分子 klm
#7: タンパク質 | 分子量: 74793.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P89440 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 63637.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P89448 |
-詳細
配列の詳細 | Sequence for Coiled coils chains could not be identified. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human alphaherpesvirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||
電子レンズ | モード: DARK FIELD | ||||||||||||
撮影 |
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-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 5.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12001 / 対称性のタイプ: POINT |