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万見
- PDB-6ly5: Organization and energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI superc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ly5
タイトルOrganization and energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI supercomplex
要素
  • FCPI
  • FCPI-1
  • FCPI-10
  • FCPI-11
  • FCPI-12
  • FCPI-13
  • FCPI-14
  • FCPI-16
  • FCPI-17
  • FCPI-19
  • FCPI-2
  • FCPI-21
  • FCPI-23
  • FCPI-24
  • FCPI-3
  • FCPI-4
  • FCPI-5
  • FCPI-6
  • FCPI-7
  • FCPI-8
  • FCPI-9
  • PsaA
  • PsaB
  • PsaC
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
  • PsaI
  • PsaJ
  • PsaL
  • PsaM
  • PsaR
  • PsaS
キーワードPHOTOSYNTHESIS / diatom / PSI-FCPI / photosysyem
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII ...: / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Not-an-Elip / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 11 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 8 / Photosystem I / PSI subunit V / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 10 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6 / Photosystem I reaction center protein 28 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 16 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 9 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 3 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 13 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 7 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 4 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 14 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5 / Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 15 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Protein fucoxanthin chlorophyl a/c protein / Fucoxanthin chlorophyll a/c light-harvesting protein, lhcr type / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Xiong, P. / Caizhe, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for energy transfer in a huge diatom PSI-FCPI supercomplex.
著者: Caizhe Xu / Xiong Pi / Yawen Huang / Guangye Han / Xiaobo Chen / Xiaochun Qin / Guoqiang Huang / Songhao Zhao / Yanyan Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatom is an important group of marine algae and contributes to around 20% of the global photosynthetic carbon fixation. Photosystem I (PSI) of diatoms is associated with a large number of ...Diatom is an important group of marine algae and contributes to around 20% of the global photosynthetic carbon fixation. Photosystem I (PSI) of diatoms is associated with a large number of fucoxanthin-chlorophyll a/c proteins (FCPIs). We report the structure of PSI-FCPI from a diatom Chaetoceros gracilis at 2.38 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy. PSI-FCPI is a monomeric supercomplex consisting of 12 core and 24 antenna subunits (FCPIs), and 326 chlorophylls a, 34 chlorophylls c, 102 fucoxanthins, 35 diadinoxanthins, 18 β-carotenes and some electron transfer cofactors. Two subunits designated PsaR and PsaS were found in the core, whereas several subunits were lost. The large number of pigments constitute a unique and huge network ensuring efficient energy harvesting, transfer and dissipation. These results provide a firm structural basis for unraveling the mechanisms of light-energy harvesting, transfer and quenching in the diatom PSI-FCPI, and also important clues to evolutionary changes of PSI-LHCI.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FCPI-7
B: FCPI-1
C: FCPI-11
D: FCPI-6
E: FCPI-5
F: FCPI-8
G: FCPI-4
H: FCPI-10
I: FCPI-3
J: FCPI-9
K: FCPI-13
L: FCPI-14
M: FCPI-16
N: FCPI-21
O: FCPI
P: FCPI
Q: FCPI
R: FCPI-24
S: FCPI-23
T: FCPI-12
W: FCPI-17
X: FCPI-17
a: PsaA
b: PsaB
c: PsaC
d: PsaD
e: PsaE
f: PsaF
i: PsaI
j: PsaJ
l: PsaL
m: PsaM
g: PsaS
h: PsaR
U: FCPI-2
V: FCPI-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,277,923625
ポリマ－820,43136
非ポリマー457,492589
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 30種, 33分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTWXabcdeflg...

#1: タンパク質 FCPI-7


分子量: 18387.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B7P2*PLUS
#2: タンパク質 FCPI-1


分子量: 24549.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A1E7F4Y9*PLUS
#3: タンパク質 FCPI-11


分子量: 21114.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B024*PLUS
#4: タンパク質 FCPI-6


分子量: 22319.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B112*PLUS
#5: タンパク質 FCPI-5


分子量: 23502.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B3M5*PLUS
#6: タンパク質 FCPI-8


分子量: 23085.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B492*PLUS
#7: タンパク質 FCPI-4


分子量: 26609.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B0A4*PLUS
#8: タンパク質 FCPI-10


分子量: 21690.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B8C0K4*PLUS
#9: タンパク質 FCPI-3


分子量: 21176.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B150*PLUS
#10: タンパク質 FCPI-9


分子量: 21560.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B2D5*PLUS
#11: タンパク質 FCPI-13


分子量: 22197.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B0S3*PLUS
#12: タンパク質 FCPI-14


分子量: 24846.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B037*PLUS
#13: タンパク質 FCPI-16


分子量: 32645.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B2D8*PLUS
#14: タンパク質 FCPI-21


分子量: 24252.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B7P8*PLUS
#15: タンパク質 FCPI


分子量: 21821.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B125*PLUS
#16: タンパク質 FCPI-24


分子量: 26549.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B499*PLUS
#17: タンパク質 FCPI-23


分子量: 27555.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B7P8*PLUS
#18: タンパク質 FCPI-12


分子量: 22340.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#19: タンパク質 FCPI-17


分子量: 21347.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7FRW2*PLUS
#20: タンパク質 PsaA


分子量: 82853.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B109*PLUS
#21: タンパク質 PsaB


分子量: 82027.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B0E7*PLUS
#22: タンパク質 PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: P10793*PLUS
#23: タンパク質 PsaD


分子量: 14943.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A5Z2K3*PLUS
#24: タンパク質 PsaE


分子量: 7186.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS
#25: タンパク質 PsaF


分子量: 17791.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: P12355*PLUS
#28: タンパク質 PsaL


分子量: 19030.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B0N3*PLUS
#30: タンパク質 PsaS


分子量: 11422.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#31: タンパク質 PsaR


分子量: 14766.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A6J4B118*PLUS
#32: タンパク質 FCPI-2


分子量: 17351.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#33: タンパク質 FCPI-19


分子量: 19307.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ijm

#26: タンパク質・ペプチド PsaI


分子量: 4474.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: P17227*PLUS
#27: タンパク質・ペプチド PsaJ


分子量: 4733.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A4GGC6*PLUS
#29: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 3139.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: Q85G73*PLUS

-
糖 , 2種, 29分子

#39: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#40: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 11種, 713分子

#34: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#35: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#36: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#37: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#38: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#41: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#42: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#43: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#45: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a huge diatom PSI-FCPI supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 891804
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164480 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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