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万見
- PDB-6lvc: Structure of Dimethylformamidase, dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lvc
タイトルStructure of Dimethylformamidase, dimer
要素
  • N,N-dimethylformamidase large subunit
  • N,N-dimethylformamidase small subunit
キーワードHYDROLASE / ab polypeptide / mononuclear iron / amidohydrolase / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylformamidase / N,N-dimethylformamidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N,N-dimethylformamidase large subunit / N,N-dimethylformamidase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arya, C.A. / Yadav, S. / Fine, J. / Casanal, A. / Chopra, G. / Ramanathan, G. / Subramanian, R. / Vinothkumar, K.R.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5081/INF/22/156/2012 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SB/S2/RJN-094/2017 インド
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: A 2-Tyr-1-carboxylate Mononuclear Iron Center Forms the Active Site of a Paracoccus Dimethylformamidase.
著者: Chetan Kumar Arya / Swati Yadav / Jonathan Fine / Ana Casanal / Gaurav Chopra / Gurunath Ramanathan / Kutti R Vinothkumar / Ramaswamy Subramanian /
要旨: N,N-dimethyl formamide (DMF) is an extensively used organic solvent but is also a potent pollutant. Certain bacterial species from genera such as Paracoccus, Pseudomonas, and Alcaligenes have evolved ...N,N-dimethyl formamide (DMF) is an extensively used organic solvent but is also a potent pollutant. Certain bacterial species from genera such as Paracoccus, Pseudomonas, and Alcaligenes have evolved to use DMF as a sole carbon and nitrogen source for growth via degradation by a dimethylformamidase (DMFase). We show that DMFase from Paracoccus sp. strain DMF is a halophilic and thermostable enzyme comprising a multimeric complex of the α β or (α β ) type. One of the three domains of the large subunit and the small subunit are hitherto undescribed protein folds of unknown evolutionary origin. The active site consists of a mononuclear iron coordinated by two Tyr side-chain phenolates and one carboxylate from Glu. The Fe ion in the active site catalyzes the hydrolytic cleavage of the amide bond in DMF. Kinetic characterization reveals that the enzyme shows cooperativity between subunits, and mutagenesis and structural data provide clues to the catalytic mechanism.
履歴
登録2020年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0989
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N,N-dimethylformamidase large subunit
B: N,N-dimethylformamidase small subunit
C: N,N-dimethylformamidase large subunit
D: N,N-dimethylformamidase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,9636
ポリマ－204,8514
非ポリマー1122
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17850 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area55730 Å2

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要素

#1: タンパク質 N,N-dimethylformamidase large subunit


分子量: 86341.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
遺伝子: dmfase2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: I6NT79, N,N-dimethylformamidase
#2: タンパク質 N,N-dimethylformamidase small subunit


分子量: 16083.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
遺伝子: dmfase1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: I6NWZ0, N,N-dimethylformamidase
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimethylformamidase / タイプ: COMPLEX / 詳細: Dimer, (a2b2) / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 DE3 (Star)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: Tris-Cl
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample at no salt exists mostly as dimer. Buffer used had no salt.
試料支持詳細: Glow discharge was carried out with Quorum glocube at 25 mA for 90 seconds
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K
詳細: Blot force was 0 and blotting was done for 3.5 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 130841 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5148 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1526 nm / Calibrated defocus min: 1526 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5148 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77.7 K / 最低温度: 77.7 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1147
詳細: A total of 25 frames were saved from the 60 second exposure, resulting in ~1.08 electron/frame
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU1.9画像取得
4Gctf1.06CTF補正Gctf was used to estimate CTF values
7Coot0.9-preモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正詳細: CTF correction was done with Relion, during refinement and reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 169988
詳細: Two rounds of 2D classification was performed prior to angular assignment and reconstruction
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80674 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 42 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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