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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kw5 | ||||||
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タイトル | The ClassC RSC-Nucleosome Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin remodeler / SWI/SNF family / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / Platelet degranulation / npBAF complex ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / Platelet degranulation / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / UV-damage excision repair / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / NuA4 histone acetyltransferase complex / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / anatomical structure morphogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / cytoskeleton organization / helicase activity / meiotic cell cycle / DNA-templated transcription initiation / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / base-excision repair / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / DNA helicase / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.13 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, Y.P. / Wu, H. / Chen, K.J. / Verma, N. / Cairns, B. / Gao, N. / Chen, Z.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the RSC complex bound to the nucleosome 著者: Ye, Y.P. / Wu, H. / Chen, K.J. / Verma, N. / Cairns, B. / Gao, N. / Chen, Z.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kw5.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kw5.ent.gz | 912.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kw5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kw5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kw5_validation.xml.gz | 126.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kw5_validation.cif.gz | 199.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Chromatin structure-remodeling complex subunit ... , 5種, 5分子 FMGXL
#1: タンパク質 | 分子量: 49716.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32832 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 65289.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03124 |
#5: タンパク質 | 分子量: 48833.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06168 |
#11: タンパク質 | 分子量: 72372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02206 |
#12: タンパク質 | 分子量: 102443.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06488 |
-Chromatin structure-remodeling complex protein ... , 5種, 6分子 HDIACK
#2: タンパク質 | 分子量: 63253.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43609 #4: タンパク質 | | 分子量: 54222.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25632 #6: タンパク質 | | 分子量: 57871.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07979 #9: タンパク質 | | 分子量: 101448.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38781 #10: タンパク質 | | 分子量: 101833.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06639 |
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-タンパク質 , 9種, 15分子 JPQEWSfhRVTOUYg
#7: タンパク質 | 分子量: 156982.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32597, DNA helicase #8: タンパク質 | | 分子量: 9192.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q9URQ5 #13: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #14: タンパク質 | | 分子量: 53863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12406 #15: タンパク質 | | 分子量: 17817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53330 #16: タンパク質 | 分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #17: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #18: タンパク質 | 分子量: 13925.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18028549mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8G0X3 #19: タンパク質 | | 分子量: 53131.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05123 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BN
#20: DNA鎖 | 分子量: 51421.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#21: DNA鎖 | 分子量: 51683.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#22: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RSC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 10.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24146 / 対称性のタイプ: POINT |