+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ksw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the human concentrative nucleoside transporter CNT3 | ||||||
要素 | Solute carrier family 28 member 3 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / nucleoside / trimer / sodium symporter / SLC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine-containing compound transmembrane transport / purine nucleobase transmembrane transport / uridine transmembrane transport / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / purine nucleobase transmembrane transporter activity / nucleoside transmembrane transport / uridine transmembrane transporter activity / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport ...nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine-containing compound transmembrane transport / purine nucleobase transmembrane transport / uridine transmembrane transport / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / purine nucleobase transmembrane transporter activity / nucleoside transmembrane transport / uridine transmembrane transporter activity / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport / pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity / purine nucleoside transmembrane transport / Ribavirin ADME / xenobiotic transmembrane transport / Azathioprine ADME / xenobiotic metabolic process / brush border membrane / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Y.X. / Liao, L.H. / Li, J.L. / Xiao, Q.J. / Sun, L.F. / Deng, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the human concentrative nucleoside transporter CNT3. 著者: Yanxia Zhou / Lianghuan Liao / Chen Wang / Jialu Li / Pengliang Chi / Qingjie Xiao / Qingting Liu / Li Guo / Linfeng Sun / Dong Deng / 要旨: Concentrative nucleoside transporters (CNTs), members of the solute carrier (SLC) 28 transporter family, facilitate the salvage of nucleosides and therapeutic nucleoside derivatives across the plasma ...Concentrative nucleoside transporters (CNTs), members of the solute carrier (SLC) 28 transporter family, facilitate the salvage of nucleosides and therapeutic nucleoside derivatives across the plasma membrane. Despite decades of investigation, the structures of human CNTs remain unknown. We determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of human CNT (hCNT) 3 at an overall resolution of 3.6 Å. As with its bacterial homologs, hCNT3 presents a trimeric architecture with additional N-terminal transmembrane helices to stabilize the conserved central domains. The conserved binding sites for the substrate and sodium ions unravel the selective nucleoside transport and distinct coupling mechanism. Structural comparison of hCNT3 with bacterial homologs indicates that hCNT3 is stabilized in an inward-facing conformation. This study provides the molecular determinants for the transport mechanism of hCNTs and potentially facilitates the design of nucleoside drugs. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ksw.cif.gz | 265 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ksw.ent.gz | 210.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ksw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ksw_validation.pdf.gz | 913 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6ksw_full_validation.pdf.gz | 924.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ksw_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ksw_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70370.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC28A3, CNT3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HAS3 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trimer of a membrane protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99489 / 対称性のタイプ: POINT |