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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6itf | ||||||
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タイトル | Icosahedral asymmetric unit (iASU) model of the less refined, coarse part of FHV eluted particle | ||||||
要素 | CAPSID PROTEIN BETA | ||||||
キーワード | VIRUS / Flock House Virus / Disassembly intermediate / Asymmetric reconstruction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nodavirus endopeptidase / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Flock house virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Banerjee, M. / Azad, K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2019 タイトル: Structural Dynamics of Nonenveloped Virus Disassembly Intermediates. 著者: Kimi Azad / Manidipa Banerjee / 要旨: The stability of icosahedral viruses is crucial for protecting the viral genome during transit; however, successful infection requires eventual disassembly of the capsid. A comprehensive ...The stability of icosahedral viruses is crucial for protecting the viral genome during transit; however, successful infection requires eventual disassembly of the capsid. A comprehensive understanding of how stable, uniform icosahedrons disassemble remains elusive, mainly due to the complexities involved in isolating transient intermediates. We utilized incremental heating to systematically characterize the disassembly pathway of a model nonenveloped virus and identified an intriguing link between virus maturation and disassembly. Further, we isolated and characterized two intermediates by cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction, without imposing icosahedral symmetry. The first intermediate displayed a series of major, asymmetric alterations, whereas the second showed that the act of genome release, through the 2-fold axis, is actually confined to a small section on the capsid. Our study thus presents a comprehensive structural analysis of nonenveloped virus disassembly and emphasizes the asymmetric nature of programmed conformational changes. Disassembly or uncoating of an icosahedral capsid is a crucial step during infection by nonenveloped viruses. However, the dynamic and transient nature of the disassembly process makes it challenging to isolate intermediates in a temporal, stepwise manner for structural characterization. Using controlled, incremental heating, we isolated two disassembly intermediates: "eluted particles" and "puffed particles" of an insect nodavirus, Flock House virus (FHV). Cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction of the FHV disassembly intermediates indicated that disassembly-related conformational alterations are minimally global and largely local, leading to asymmetry in the particle and eventual genome release without complete disintegration of the icosahedron. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6itf.cif.gz | 106.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6itf.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6itf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6itf_validation.pdf.gz | 1007.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6itf_full_validation.pdf.gz | 1017.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6itf_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6itf_validation.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39367.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flock house virus (ウイルス) / 遺伝子: alpha / 細胞株 (発現宿主): DL-1 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P12870, nodavirus endopeptidase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Flock house virus / タイプ: VIRUS 詳細: Purified wildtype Flock House Virus heated to 70 degC Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 9 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Flock house virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Costelytra zealandica |
ウイルス殻 | 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3 |
緩衝液 | pH: 7 |
緩衝液成分 | 濃度: 50 mM / 名称: HEPES / 式: C8H18N2O4S |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified wildtype Flock House Virus heated to 70 degC |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 284 K / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2835 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 61905 / 詳細: Manual selection | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58918 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 30 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 181 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4FTB Accession code: 4FTB / Source name: PDB / タイプ: experimental model |