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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i9r | ||||||||||||
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タイトル | Large subunit of the human mitochondrial ribosome in complex with Virginiamycin M and Quinupristin | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Mitochondria | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase ...mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cell cycle / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / synapse / apoptotic process / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Modelska, A. / Aibara, S. / Amunts, A. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Inhibition of mitochondrial translation suppresses glioblastoma stem cell growth. 著者: Denise Sighel / Michela Notarangelo / Shintaro Aibara / Angela Re / Gianluca Ricci / Marianna Guida / Alessia Soldano / Valentina Adami / Chiara Ambrosini / Francesca Broso / Emanuele ...著者: Denise Sighel / Michela Notarangelo / Shintaro Aibara / Angela Re / Gianluca Ricci / Marianna Guida / Alessia Soldano / Valentina Adami / Chiara Ambrosini / Francesca Broso / Emanuele Filiberto Rosatti / Sara Longhi / Mariachiara Buccarelli / Quintino G D'Alessandris / Stefano Giannetti / Simone Pacioni / Lucia Ricci-Vitiani / Joanna Rorbach / Roberto Pallini / Sandrine Roulland / Alexey Amunts / Ines Mancini / Angelika Modelska / Alessandro Quattrone / 要旨: Glioblastoma stem cells (GSCs) resist current glioblastoma (GBM) therapies. GSCs rely highly on oxidative phosphorylation (OXPHOS), whose function requires mitochondrial translation. Here we explore ...Glioblastoma stem cells (GSCs) resist current glioblastoma (GBM) therapies. GSCs rely highly on oxidative phosphorylation (OXPHOS), whose function requires mitochondrial translation. Here we explore the therapeutic potential of targeting mitochondrial translation and report the results of high-content screening with putative blockers of mitochondrial ribosomes. We identify the bacterial antibiotic quinupristin/dalfopristin (Q/D) as an effective suppressor of GSC growth. Q/D also decreases the clonogenicity of GSCs in vitro, consequently dysregulating the cell cycle and inducing apoptosis. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) reveals that Q/D binds to the large mitoribosomal subunit, inhibiting mitochondrial protein synthesis and functionally dysregulating OXPHOS complexes. These data suggest that targeting mitochondrial translation could be explored to therapeutically suppress GSC growth in GBM and that Q/D could potentially be repurposed for cancer treatment. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i9r.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i9r.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6i9r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i9r_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i9r_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6i9r_validation.xml.gz | 220.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i9r_validation.cif.gz | 361.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+39S ribosomal protein ... , 45種, 45分子 0123456789DEFHIJKLMNOQRSTUVWXY...
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#11: RNA鎖 | 分子量: 499421.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1391841121 |
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#12: RNA鎖 | 分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021 |
-タンパク質 , 5種, 5分子 Pjopq
#24: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2 |
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#44: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6 |
#48: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#49: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#50: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#53: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 4種, 139分子
#54: 化合物 | #55: 化合物 | ChemComp-MG / #56: 化合物 | ChemComp-G / | #57: 化合物 | ChemComp-H8T / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | QUINUPRIST |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Large subunit of the human mitochondrial ribosome in complex with Virginiamycin M and Quinupristin タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100000 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |