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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hz7 | ||||||
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タイトル | Structure of McrBC without DNA binding domains (Class 3) | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / AAA+ superfamily / restriction enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity ...type IV site-specific deoxyribonuclease activity / restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / DNA catabolic process / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
Model details | Two homo hexamers dimerized by one homo dimer | ||||||
![]() | Itoh, Y. / Nirwan, N. / Saikrishnan, K. / Amunts, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based mechanism for activation of the AAA+ GTPase McrB by the endonuclease McrC. 著者: Neha Nirwan / Yuzuru Itoh / Pratima Singh / Sutirtha Bandyopadhyay / Kutti R Vinothkumar / Alexey Amunts / Kayarat Saikrishnan / ![]() ![]() ![]() 要旨: The AAA+ GTPase McrB powers DNA cleavage by the endonuclease McrC. The GTPase itself is activated by McrC. The architecture of the GTPase and nuclease complex, and the mechanism of their activation ...The AAA+ GTPase McrB powers DNA cleavage by the endonuclease McrC. The GTPase itself is activated by McrC. The architecture of the GTPase and nuclease complex, and the mechanism of their activation remained unknown. Here, we report a 3.6 Å structure of a GTPase-active and DNA-binding deficient construct of McrBC. Two hexameric rings of McrB are bridged by McrC dimer. McrC interacts asymmetrically with McrB protomers and inserts a stalk into the pore of the ring, reminiscent of the γ subunit complexed to αβ of F-ATPase. Activation of the GTPase involves conformational changes of residues essential for hydrolysis. Three consecutive nucleotide-binding pockets are occupied by the GTP analogue 5'-guanylyl imidodiphosphate and the next three by GDP, which is suggestive of sequential GTP hydrolysis. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0313MC ![]() 0310C ![]() 0311C ![]() 0312C ![]() 0314C ![]() 0315C ![]() 6hz4C ![]() 6hz5C ![]() 6hz6C ![]() 6hz8C ![]() 6hz9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35758.492 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: mcrB, rglB, b4346, JW5871 / プラスミド: pHis / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 40643.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: mcrC, b4345, JW5789 / プラスミド: pHis / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GNP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: McrB and McrC complex without DNA binding domains / タイプ: COMPLEX 詳細: The N-terminal DNA binding domain of McrB is truncated Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.51 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3326 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 2-20 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 771763 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225201 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 74 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |