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万見
- PDB-6bbj: Xenopus Tropicalis TRPV4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbj
タイトルXenopus Tropicalis TRPV4
要素Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
キーワードMETAL TRANSPORT / Ion Channel / TRP channel
機能・相同性
機能・相同性情報


TRP channels / osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / plasma membrane => GO:0005886 / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / monoatomic ion channel activity
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Deng, Z. / Hite, R.K. / Yuan, P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS099341-01A1 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
American Heart Association17SDG33400229 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM and X-ray structures of TRPV4 reveal insight into ion permeation and gating mechanisms.
著者: Zengqin Deng / Navid Paknejad / Grigory Maksaev / Monica Sala-Rabanal / Colin G Nichols / Richard K Hite / Peng Yuan /
要旨: The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present ...The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present the cryo-EM structure of Xenopus tropicalis TRPV4 at 3.8-Å resolution. The ion-conduction pore contains an intracellular gate formed by the inner helices, but lacks any extracellular gate in the selectivity filter, as observed in other TRPV channels. Anomalous X-ray diffraction analyses identify a single ion-binding site in the selectivity filter, thus explaining TRPV4 nonselectivity. Structural comparisons with other TRP channels and distantly related voltage-gated cation channels reveal an unprecedented, unique packing interface between the voltage-sensor-like domain and the pore domain, suggesting distinct gating mechanisms. Moreover, our structure begins to provide mechanistic insights to the large set of pathogenic mutations, offering potential opportunities for drug development.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7075
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
B: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
C: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
D: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,3514
ポリマ－396,3514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18020 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area115530 Å2

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4


分子量: 99087.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: trpv4 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: F7BWY7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPV4 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Xenopis tropicalis TRPV4 purified in DDM and lipids / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: .30 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
由来(組換発現)生物種: Pichia (菌類)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris, pH 8.01
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMDTT1
41 mMdodecyl maltoside1
50.06 mg/ml1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine1
60.02 mg/ml-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phosphoethanolamine1
70.02 mg/ml1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phospho-1-rac-glycerol1
試料濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: TRPV4 in DDM and lipids
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 2 second blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1604
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.8CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.12-2829モデル精密化
10REFMAC5.8.0158モデル精密化
13RELION2.1分類
14FREALIGN9.11３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 85253
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72684
詳細: Refined using Frealign with reference map low-pass filtered to 6 Angstroms
クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: FSC
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319924
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68626964
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.42211820
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443108
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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