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万見
- PDB-6z84: CK2 alpha bound to chemical probe SGC-CK2-1 derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z84
タイトルCK2 alpha bound to chemical probe SGC-CK2-1 derivative
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Inhibitor / Chemical probe / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QB8 / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kraemer, A. / Wells, C. / Drewry, D.H. / Pickett, J.E. / Axtman, A.D. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Development of a potent and selective chemical probe for the pleiotropic kinase CK2.
著者: Wells, C.I. / Drewry, D.H. / Pickett, J.E. / Tjaden, A. / Kramer, A. / Muller, S. / Gyenis, L. / Menyhart, D. / Litchfield, D.W. / Knapp, S. / Axtman, A.D.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Casein kinase II subunit alpha
BBB: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,55216
ポリマ－80,6562
非ポリマー1,89614
水3,189177
1
AAA: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,46810
ポリマ－40,3281
非ポリマー1,1409
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0846
ポリマ－40,3281
非ポリマー7565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.352, 126.352, 124.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40327.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-QB8 / ~{N}-[1-[3-cyano-7-(cyclopropylamino)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]indol-6-yl]ethanamide


分子量: 371.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5 23-26% (v/v) PEG 3350 0.2 M ammonia sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.67 Å / Num. obs: 35531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3947 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.415

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6yul

6yul


解像度: 2.5→44.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 10.167 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.262 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1850 5.215 %
Rwork0.215 33625 -
all0.217 --
obs-35475 99.969 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.362 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.362 Å2-0 Å2
3----4.723 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5415 0 116 177 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175051
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0510.018358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.6427710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.491.5911650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2485652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.02121.601331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50215932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4791541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21097
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.24822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22740
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1870.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1240.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5564.2852619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5564.2842617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6676.423266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6676.4223267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4824.4513056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4824.4263031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.566.6274438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5636.5884402
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.58785.25311892
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.52585.28811874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5650.3351160.3092467X-RAY DIFFRACTION100
2.565-2.6350.3641420.2992374X-RAY DIFFRACTION99.9206
2.635-2.7110.3351190.2792326X-RAY DIFFRACTION100
2.711-2.7950.3081240.2672245X-RAY DIFFRACTION100
2.795-2.8860.2511020.2362199X-RAY DIFFRACTION100
2.886-2.9880.2371340.2372105X-RAY DIFFRACTION100
2.988-3.10.2691200.2392043X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.2270.2711140.2251969X-RAY DIFFRACTION100
3.227-3.370.215960.2081908X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.5340.2911290.2011775X-RAY DIFFRACTION100
3.534-3.7250.2461120.2011734X-RAY DIFFRACTION100
3.725-3.9510.21920.1841641X-RAY DIFFRACTION100
3.951-4.2230.23960.1731544X-RAY DIFFRACTION100
4.223-4.560.197610.1581466X-RAY DIFFRACTION100
4.56-4.9940.159620.1591356X-RAY DIFFRACTION100
4.994-5.5820.201610.1971232X-RAY DIFFRACTION100
5.582-6.4410.264770.2341075X-RAY DIFFRACTION100
6.441-7.8780.259530.227940X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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