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- PDB-6z5d: Crystal structure of haspin (GSG2) in complex with macrocycle ODS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z5d
タイトルCrystal structure of haspin (GSG2) in complex with macrocycle ODS2004082
要素Serine/threonine-protein kinase haspin
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / haspin / gsg2 macrocycle / nanocyclic / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction ...histone H3T3 kinase activity / protein localization to chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle / mitotic cell cycle / chromosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Serine/threonine-protein kinase haspin, C-terminal / Haspin like kinase domain / Domain of unknown function / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q8Q / SUCCINIC ACID / Serine/threonine-protein kinase haspin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of haspin (GSG2) in complex with macrocycle ODS2004082
著者: Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase haspin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5037
ポリマ－40,7111
非ポリマー7926
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.357, 78.839, 81.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase haspin / Germ cell-specific gene 2 protein / H-haspin / Haploid germ cell-specific nuclear protein kinase


分子量: 40711.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HASPIN, GSG2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: Q8TF76, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 430分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-Q8Q / 11-methyl-8,11,14,18,19,22-hexazatetracyclo[13.5.2.12,6.018,21]tricosa-1(21),2(23),3,5,15(22),16,19-heptaen-7-one


分子量: 336.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 60.0% MPD, 0.1M SPG pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→56.515 Å / Num. obs: 51203 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/av σ(I): 7.7 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.75-1.846.10.7722.273880.3370.8440.77299.7
1.84-1.9660.4861.669640.2130.5320.48699.4
1.96-2.096.90.3032.665990.1240.3280.303100
2.09-2.266.80.1963.961590.080.2120.196100
2.26-2.476.70.1425.356750.0590.1540.142100
2.47-2.7760.1037.351270.0450.1130.10399.6
2.77-3.26.90.0710.645850.0290.0760.07100
3.2-3.916.60.04316.239070.0180.0470.04399.9
3.91-5.5360.03319.730540.0150.0370.03399.5
5.53-19.6266.70.03417.817450.0140.0370.03497.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qtc

4qtc


解像度: 1.75→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.223 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.0812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1779 2595 5.1 %RANDOM
Rwork0.1527 ---
obs0.154 48549 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.76 Å2 / Biso mean: 15.883 Å2 / Biso min: 4.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2632 0 54 424 3110
Biso mean--33.58 36.23 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9733849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98734760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2975358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88724.729129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4815517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8361512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02564
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 176 -
Rwork0.304 3327 -
all-3503 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23270.1831.05690.6715-0.08631.2816-0.00280.009-0.1311-0.05880.05870.10850.0696-0.1014-0.05590.03930.0032-0.00870.02440.00270.041863.363223.47874.5622
21.96080.1252-0.48472.01760.37511.91830.0375-0.09240.13860.104-0.03180.0579-0.158-0.0235-0.00570.02340.0026-0.00160.009-0.01730.039678.341939.399116.9829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A470 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2A610 - 798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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