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- PDB-6ysn: Human TRPC5 in complex with Pico145 (HC-608) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysn
タイトルHuman TRPC5 in complex with Pico145 (HC-608)
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / small molecule / inhibitor / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / TRP channels / clathrin binding ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / TRP channels / clathrin binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon extension / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / nervous system development / presynapse / actin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / ATPase binding / growth cone / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuron apoptotic process / periplasmic space / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / DNA damage response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PJQ / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wright, D.J. / Johnson, R.M. / Muench, S.P. / Bon, R.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P020208/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Human TRPC5 structures reveal interaction of a xanthine-based TRPC1/4/5 inhibitor with a conserved lipid binding site.
著者: David J Wright / Katie J Simmons / Rachel M Johnson / David J Beech / Stephen P Muench / Robin S Bon /
要旨: TRPC1/4/5 channels are non-specific cation channels implicated in a wide variety of diseases, and TRPC1/4/5 inhibitors have recently entered clinical trials. However, fundamental and translational ...TRPC1/4/5 channels are non-specific cation channels implicated in a wide variety of diseases, and TRPC1/4/5 inhibitors have recently entered clinical trials. However, fundamental and translational studies require a better understanding of TRPC1/4/5 channel regulation by endogenous and exogenous factors. Although several potent and selective TRPC1/4/5 modulators have been reported, the paucity of mechanistic insights into their modes-of-action remains a barrier to the development of new chemical probes and drug candidates. Xanthine-based modulators include the most potent and selective TRPC1/4/5 inhibitors described to date, as well as TRPC5 activators. Our previous studies suggest that xanthines interact with a, so far, elusive pocket of TRPC1/4/5 channels that is essential to channel gating. Here we report the structure of a small-molecule-bound TRPC1/4/5 channel-human TRPC5 in complex with the xanthine Pico145-to 3.0 Å. We found that Pico145 binds to a conserved lipid binding site of TRPC5, where it displaces a bound phospholipid. Our findings explain the mode-of-action of xanthine-based TRPC1/4/5 modulators, and suggest a structural basis for TRPC1/4/5 modulation by endogenous factors such as (phospho)lipids and Zn ions. These studies lay the foundations for the structure-based design of new generations of TRPC1/4/5 modulators.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10903
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,1408
ポリマ－523,0404
非ポリマー2,1004
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area34760 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area115880 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC5 / Transient receptor ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC5 / Transient receptor protein 5 / hTRP5


分子量: 130760.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, TRPC5, TRP5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9UL62
#2: 化合物
ChemComp-PJQ / 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-[3-(trifluoromethyloxy)phenoxy]purine-2,6-dione


分子量: 524.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20ClF3N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotetrameric TRPC5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)83333
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
230 mMHEPES1
31 mMDTT1
440 mMMaltose1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Final sample in PMAL-C8 amphipol
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成 / 詳細: 3.0.7
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158111 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00420992
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5528442
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.35512464
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043181
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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