PDB-6ydv: Crystal Structure of the Jmjc Domain of Human JMJD1B in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ydv

タイトル

Crystal Structure of the Jmjc Domain of Human JMJD1B in complex with FM001511a from the DSPL fragment library

要素

JMJD1B protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fragment / Complex / KDM3B / Xchem / Structural Genomics

機能・相同性

JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / : / Chem-ONQ / JMJD1B protein

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Jmjc Domain of Human JMJD1B in complex with FM001511a from the DSPL fragment library
著者: Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.

履歴

登録	2020年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ydv.cif.gz	518.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ydv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ydv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/6ydv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/6ydv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rbjS 5r7x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5rak-1 5ral-1 5rad-1 5rb0-1 5ray-1 5rap-1 5ras-1 5rb7-1 5rac-1 5raq-1 5rae-1 5rao-1 5rab-1 5r7x-1 5rb4-1 5rav-1 5raf-1 5raz-1 6whn-2 5rb2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: JMJD1B protein

BBB: JMJD1B protein

ヘテロ分子

86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: JMJD1B protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: JMJD1B protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 93.790, 92.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	JMJD1B protein 分子量: 43075.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4FUT8
#2: 化合物	ChemComp-ONQ / ~{N}-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-4-methoxy-benzamide 分子量: 208.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5, 24% PEG3350, 0.4M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→54.934 Å / Num. obs: 56778 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.041 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.07→9.26 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4190 / CC_1/2: 0.556 / R_pim(I) all: 0.713 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RBJ

6rbj

解像度: 2.07→54.934 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.185 / WR_factor R_work: 0.146 / SU B: 13.587 / SU ML: 0.149 / Average fsc free: 0.8542 / Average fsc work: 0.8698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	2774	4.888 %
R_work	0.1696	53982	-
all	0.172	-	-
obs	-	56756	99.122 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.129 Å²	0 Å²	0.238 Å²
2-	-	-3.372 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.077 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→54.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5506	0	22	629	6157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.643	7691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	1.585	11848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.205	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.67	22.615	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.616	15	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.386	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.482	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.147	4.078	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.137	4.076	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.465	6.101	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.465	6.103	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	4.511	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.28	4.508	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.572	6.585	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.571	6.585	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.484	48.333	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.169	47.643	6127
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.688	3	10766

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.07-2.124	0.343	193	0.313	3993	0.314	4223	0.625	0.654	99.1238	0.302
2.124-2.182	0.353	199	0.298	3855	0.301	4092	0.606	0.637	99.0714	0.285
2.182-2.245	0.293	210	0.281	3704	0.282	3987	0.74	0.74	98.169	0.265
2.245-2.314	0.305	166	0.245	3703	0.248	3891	0.794	0.818	99.4346	0.222
2.314-2.39	0.247	178	0.217	3592	0.219	3779	0.837	0.861	99.7618	0.198
2.39-2.473	0.257	209	0.212	3368	0.215	3593	0.875	0.879	99.5547	0.191
2.473-2.567	0.267	172	0.201	3316	0.205	3511	0.877	0.895	99.3449	0.177
2.567-2.671	0.22	197	0.176	3186	0.178	3406	0.916	0.928	99.3247	0.155
2.671-2.79	0.228	170	0.165	3032	0.168	3227	0.918	0.937	99.2253	0.14
2.79-2.925	0.243	157	0.163	2925	0.167	3126	0.915	0.937	98.5924	0.14
2.925-3.083	0.206	111	0.159	2790	0.16	2941	0.926	0.94	98.6399	0.137
3.083-3.27	0.259	119	0.159	2610	0.164	2796	0.919	0.941	97.6037	0.14
3.27-3.494	0.199	130	0.142	2501	0.145	2641	0.945	0.959	99.6214	0.127
3.494-3.773	0.195	109	0.14	2357	0.142	2468	0.946	0.966	99.919	0.13
3.773-4.131	0.156	109	0.122	2139	0.124	2253	0.972	0.975	99.7781	0.114
4.131-4.616	0.139	99	0.109	1947	0.111	2050	0.978	0.982	99.8049	0.104
4.616-5.323	0.171	69	0.129	1734	0.13	1815	0.97	0.977	99.3388	0.122
5.323-6.505	0.179	92	0.158	1412	0.16	1551	0.965	0.966	96.9697	0.148
6.505-9.135	0.168	51	0.167	1150	0.167	1203	0.953	0.958	99.8337	0.163
9.135-54.934	0.17	34	0.173	667	0.173	703	0.966	0.966	99.7155	0.177

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