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- PDB-6xm7: Crystal structure of DCA-S bound to Co-LSD4 from Sphingobium sp. ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xm7 | |||||||||
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Title | Crystal structure of DCA-S bound to Co-LSD4 from Sphingobium sp. strain SYK-6 | |||||||||
![]() | Dioxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / lignostilbene dioxygenase / carotenoid cleavage dioxygenase / non-heme iron oxygenase / bacterial aromatic catabolism | |||||||||
Function / homology | 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Chem-V5M / Dioxygenase![]() | |||||||||
Biological species | Sphingobium sp. | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kuatsjah, E. / Chan, A.C. / Katahira, R. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E. / Eltis, L.D. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional analysis of lignostilbene dioxygenases from Sphingobium sp. SYK-6. Authors: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Katahira, R. / Haugen, S.J. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 300.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 244.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xm6C ![]() 6xm8C ![]() 6xm9C ![]() 6xmaC ![]() 6ojrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 54974.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NBRC 103272 / SYK-6 / Gene: SLG_12860 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: G2IQT9, Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen |
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-Non-polymers , 5 types, 691 molecules ![](data/chem/img/V5M.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-V5M / ( | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-CO / #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.3 M magnesium acetate, 29% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 10, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→43.8 Å / Num. obs: 184209 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.229 % / Biso Wilson estimate: 23.008 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 15.68 / Num. measured all: 594735 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6OJR Resolution: 1.45→43.8 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.06 Å2 / Biso mean: 22.9611 Å2 / Biso min: 10.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→43.8 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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