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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vv3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Eis from Mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor SGT1358 | ||||||
![]() | N-acetyltransferase Eis | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Acetyltransferase / Resistance / Aminoglycoside / Competitive / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / N-acetyltransferase activity / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Punetha, A. / Hou, C. / Ngo, H.X. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Optimization of Inhibitors of Acetyltransferase Eis fromMycobacterium tuberculosis. 著者: Punetha, A. / Ngo, H.X. / Holbrook, S.Y.L. / Green, K.D. / Willby, M.J. / Bonnett, S.A. / Krieger, K. / Dennis, E.K. / Posey, J.E. / Parish, T. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vurC ![]() 6vusC ![]() 6vutC ![]() 6vuuC ![]() 6vuwC ![]() 6vuxC ![]() 6vuyC ![]() 6vuzC ![]() 6vv0C ![]() 6vv1C ![]() 6vv2C ![]() 3r1kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45999.113 Da / 分子数: 1 / 変異: C204A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eis, Rv2416c, MTCY253.04 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WFK7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-非ポリマー , 6種, 245分子 ![](data/chem/img/RM7.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-RM7 / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-DMS / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0 adjusted at room temperature, 7% w/v PEG 8000, and 400 mM (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 28642 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 1.132 / Num. unique obs: 1444 / CC1/2: 0.813 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3R1K 解像度: 2.4→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.197 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.58 Å2 / Biso mean: 42.213 Å2 / Biso min: 23.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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