PDB-6vtn: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vtn

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM557

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mitochondria / alpha-beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Lead Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series for the Treatment of Malaria.
著者: Kokkonda, S. / Deng, X. / White, K.L. / El Mazouni, F. / White, J. / Shackleford, D.M. / Katneni, K. / Chiu, F.C.K. / Barker, H. / McLaren, J. / Crighton, E. / Chen, G. / Angulo-Barturen, I. ...

履歴

登録	2020年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6vtn_full_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示
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CIF形式データ	6vtn_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vtyC 3i65S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i6r-d 6e0b-d 5del-d 3o8a-d 3i68-d 5boo-2 5boo-1 3i65-d 6i55-1 3sfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.751, 84.751, 137.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄
Space group name Hall	P6₄
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 45385.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-RL7 / N-cyclopropyl-4-{[2-fluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-3-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 340.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆F₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tri-Na citrate, 25% PEG4000, 16% Glycerol, 10 mM DTT PH範囲: 5.4-5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→42.38 Å / Num. obs: 26640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.44 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 37.89
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1344 / CC_1/2: 0.541 / R_pim(I) all: 0.719 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I65

3i65

解像度: 2.25→42.38 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 44.98 / 位相誤差: 22.5738

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1503	7.13 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2044	21071	79.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	66	72	3110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6091	4173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0425	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.1308	1851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.33	0.3031	31	0.2607	453	X-RAY DIFFRACTION	18.86
2.33-2.41	0.3081	52	0.254	711	X-RAY DIFFRACTION	29.75
2.41-2.51	0.2365	82	0.2301	1060	X-RAY DIFFRACTION	44.09
2.51-2.62	0.2683	124	0.2414	1681	X-RAY DIFFRACTION	70.25
2.62-2.76	0.2465	163	0.2438	2204	X-RAY DIFFRACTION	91.87
2.76-2.93	0.2553	171	0.2319	2224	X-RAY DIFFRACTION	92.86
2.93-3.16	0.2341	170	0.2187	2243	X-RAY DIFFRACTION	92.95
3.16-3.47	0.2279	173	0.21	2217	X-RAY DIFFRACTION	92.76
3.47-3.98	0.2019	169	0.185	2251	X-RAY DIFFRACTION	93.02
3.98-5	0.1635	170	0.1637	2252	X-RAY DIFFRACTION	92.94
5-27.2	0.2246	177	0.1953	2264	X-RAY DIFFRACTION	92.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.09262111446	-0.728876425501	-1.58347555559	0.592968536181	1.40676367883	3.35720724075	-0.103431510572	-0.354383730501	-0.45633493616	0.715560661487	0.05065126675	0.156956871803	0.711330313659	0.244742509416	0.0354866614231	0.66000698415	0.113324429047	0.051530905891	0.346039338611	0.0335294902519	0.291846211714	94.3320876871	-32.8256106243	15.9541553959
2	1.25980575356	-0.769948856966	-0.417758344609	1.98246623866	0.930295293978	1.32504999803	0.00229368945522	0.105279560243	-0.201043014816	0.187087168783	-0.102325744477	0.279714368786	0.127400800028	-0.102848033618	0.128595972956	0.352263279418	0.159377482855	0.0779538998821	0.302290464877	-0.0587534391573	0.221793130432	87.4449203635	-24.6865124412	5.28327108575
3	1.50191608316	-0.761311249203	-0.181463228668	1.66046662777	0.16417985278	0.345315139717	0.0796729810712	0.215012504864	0.0094960029364	-0.113934770067	-0.214115112174	0.180956838226	-0.163024117787	-0.187097019249	-0.024958505242	0.35646868966	0.311435394497	0.0290955483425	0.434994337436	-0.0102604683237	0.213276558206	88.6508668134	-14.3255378482	-3.54424364578
4	5.2453932172	2.19835357065	-1.3673363782	2.28511998174	0.800864564737	2.33651275754	0.159839185529	0.646752433069	0.266740794182	-0.641686123102	-0.129693811885	-0.194247288995	-0.201219926877	0.173407143925	-0.0533400852293	0.532774692427	0.300734724627	0.0998140266059	0.577001766287	0.080200247336	0.239254656501	100.548522948	-16.2052967785	-14.3037967173
5	1.3270425604	0.874940284446	-1.52179867525	1.66903088143	-1.21458149212	1.78557871488	0.117843093124	0.400352000168	0.246375000992	-0.27134517351	0.0575813328613	0.837346615763	-0.0983667976798	-0.708550730273	-0.187472493565	0.439102479181	0.2929985432	-0.141568291884	0.821788545429	-0.183240273139	0.592176848242	71.6037547998	-20.3553954167	-8.69152493959
6	3.41770015096	-0.470987658609	-2.24480911394	1.33879877368	0.283581327197	5.12977015781	0.0743409400468	-0.0671111865473	-0.194875277539	0.232477538705	-0.0495909476065	0.687081164099	-0.209440669558	-0.711550128931	0.00906424958715	0.383471839434	0.212678023787	0.131751235657	0.643080698747	-0.14116960532	0.681380310651	72.2879116997	-24.0375672937	7.38821192799
7	0.903863493838	-0.016766548364	0.30925007653	1.83523362491	-0.0590320689394	2.85285487925	0.1105677036	0.356614851115	-0.49345665725	-0.0879901820955	-0.156560047588	0.743890153957	0.167434586085	-0.472107727634	-8.18896352556E-5	0.265553115537	0.0940040212817	0.0226154150529	0.529424697645	-0.230482300171	0.61509100965	77.1771127645	-32.8964335486	-0.64272615097
8	0.698842788631	0.799422211605	0.960505293381	4.31510919788	2.76765029607	6.9275873311	0.0560708995688	0.47155718464	-0.799808614775	-0.300640935427	-0.107884580361	0.477000764899	0.757193750958	-0.137132445959	0.0151982693255	0.494914323802	0.0485060989714	0.0120324009134	0.512753717315	-0.255248100334	0.697076169498	83.2647102321	-44.762803301	-5.14141755204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 205 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 282 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 283 through 375 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 376 through 424 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 425 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 450 through 474 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 475 through 537 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 538 through 566 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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