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- PDB-6vou: Aminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vou
タイトルAminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex with acetylated-plazomicin and CoA
要素Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase / GNAT superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


gentamicin 2'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-PZC / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Providencia stuartii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162365 カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for plazomicin antibiotic action and resistance.
著者: Golkar, T. / Bassenden, A.V. / Maiti, K. / Arya, D.P. / Schmeing, T.M. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,90310
ポリマ－40,4942
非ポリマー3,4098
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.510, 73.510, 147.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / AAC(2')-Ia


分子量: 20246.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Providencia stuartii (バクテリア)
遺伝子: aac / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52424, gentamicin 2'-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PZC / (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-{[(2S,3R)-3-(acetylamino)-6-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-5-amino-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]-4-amino-2-hydroxybutanamide / acetylated-plazomicin


分子量: 634.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H50N6O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: acetyl CoA, plazomicin, LiCl, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→63.66 Å / Num. obs: 33925 / % possible obs: 98.76 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05153 / Rpim(I) all: 0.0185 / Rrim(I) all: 0.05489 / Net I/σ(I): 18.89
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 3293 / CC1/2: 0.718 / CC star: 0.914

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.95→63.66 Å / SU ML: 0.2178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2249 2001 5.9 %
Rwork0.1916 31921 -
obs0.1935 33922 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→63.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2738 0 224 116 3078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9484125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.01931086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.34151400.2812225X-RAY DIFFRACTION97.53
2-2.050.32731370.2562218X-RAY DIFFRACTION97.39
2.05-2.110.27961370.24612205X-RAY DIFFRACTION97.46
2.11-2.180.26881420.2212223X-RAY DIFFRACTION98.05
2.18-2.260.27011410.21622223X-RAY DIFFRACTION97.69
2.26-2.350.26791420.21072243X-RAY DIFFRACTION98.47
2.35-2.460.22441450.19692277X-RAY DIFFRACTION98.9
2.46-2.590.2451410.22462267X-RAY DIFFRACTION99.59
2.59-2.750.24821430.2162268X-RAY DIFFRACTION99.3
2.75-2.960.23111480.2172316X-RAY DIFFRACTION99.48
2.96-3.260.23481410.19792291X-RAY DIFFRACTION99.71
3.26-3.730.24481480.18452330X-RAY DIFFRACTION99.64
3.73-4.70.17351420.15682357X-RAY DIFFRACTION99.64
4.7-63.660.20131540.17872478X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.7750626502 Å / Origin y: 3.47799312622 Å / Origin z: -5.41677215527 Å
111213212223313233
T0.294683938983 Å2-0.0351344183329 Å2-0.00633853113893 Å2-0.260091474102 Å20.0078577502948 Å2--0.259027852886 Å2
L1.86151669155 °2-0.132968155029 °2-0.162772093777 °2-1.74539504486 °2-0.0137567705095 °2--0.725640306347 °2
S-0.108631755376 Å °0.0118049010471 Å °0.104298519791 Å °0.0824331739856 Å °0.101305300129 Å °0.0429155530011 Å °0.0610893468488 Å °-0.0179783119112 Å °0.00702228969359 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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