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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v9e | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the 2009 H1N1 PA endonuclease wild type in complex with SJ000988632 | ||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuypers, M.G. / Slavish, P.J. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential. 著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6v6xC ![]() 6vbrC ![]() 6vg9C ![]() 6vivC ![]() 6vjhC ![]() 6vl3C ![]() 6wijC ![]() 6wj4C ![]() 7k87C ![]() 7lm4C ![]() 7lw6C ![]() 7m0nC ![]() 7mpfC ![]() 7mtyC ![]() 7n47C ![]() 7n55C ![]() 7n68C ![]() 7n8fC ![]() 7rkpC ![]() 7umrC ![]() 7uuhC ![]() 8dipC ![]() 8dpjC ![]() 8dtwC ![]() 8e4sC ![]() 5vptS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Luxembourg/43/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 50分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/QQP.gif)
![](data/chem/img/Y24.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QQP.gif)
![](data/chem/img/Y24.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-QQP / | #4: 化合物 | ChemComp-Y24 / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→64.38 Å / Num. obs: 11142 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1145 / CC1/2: 0.812 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 0.908 / Χ2: 1.04 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5vpt 解像度: 2.4→38.96 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.96 Å2 / Biso mean: 83.2572 Å2 / Biso min: 41.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→38.96 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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