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- PDB-6u5m: Discovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u5m
タイトルDiscovery and optimization of salicyclic acid-derived sulfonamide inhibitors of the WDR5:MYC protein-protein interaction
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / WDR5 / MYC / RBBP5 / structure-based design / high-throughput screening
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / Neddylation / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q0S / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhao, B. / Wang, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Optimization of Salicylic Acid-Derived Sulfonamide Inhibitors of the WD Repeat-Containing Protein 5-MYC Protein-Protein Interaction.
著者: Macdonald, J.D. / Chacon Simon, S. / Han, C. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Howes, J.E. / Sai, J. / Yuh, J.P. / Camper, D. / Alicie, B.M. / Alvarado, J. / Nikhar, S. / Payne, W. / Aho, E.R. / ...著者: Macdonald, J.D. / Chacon Simon, S. / Han, C. / Wang, F. / Shaw, J.G. / Howes, J.E. / Sai, J. / Yuh, J.P. / Camper, D. / Alicie, B.M. / Alvarado, J. / Nikhar, S. / Payne, W. / Aho, E.R. / Bauer, J.A. / Zhao, B. / Phan, J. / Thomas, L.R. / Rossanese, O.W. / Tansey, W.P. / Waterson, A.G. / Stauffer, S.R. / Fesik, S.W.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0494
ポリマ－66,9842
非ポリマー1,0652
水13,061725
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0242
ポリマ－33,4921
非ポリマー5321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0242
ポリマ－33,4921
非ポリマー5321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.390, 46.672, 112.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 33492.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物 ChemComp-Q0S / 5-bromo-2-hydroxy-N-[3-(methylsulfonyl)-5-(pentafluoro-lambda~6~-sulfanyl)phenyl]benzene-1-sulfonamide


分子量: 532.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11BrF5NO5S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, ammonium acetate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 54881 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.928 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Num. unique obs: 2611 / CC1/2: 0.546 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 0.476 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DY7

6dy7


解像度: 1.8→29.854 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1857 2000 3.65 %
Rwork0.1626 52828 -
obs0.1634 54828 94.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.56 Å2 / Biso mean: 17.4275 Å2 / Biso min: 3.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4629 0 56 725 5410
Biso mean--40.82 30.31 -
残基数----606
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.8450.27351360.2498357491
1.845-1.89490.2551360.2277360891
1.8949-1.95070.23351380.206362392
1.9507-2.01360.22081380.1889368393
2.0136-2.08560.20611420.1813372094
2.0856-2.1690.2161400.1693371794
2.169-2.26770.22411420.1693374495
2.2677-2.38720.20351420.1689376995
2.3872-2.53670.20511450.1676382296
2.5367-2.73250.19161450.1606384296
2.7325-3.00720.1641450.1571381696
3.0072-3.44180.1461490.1413393398
3.4418-4.33420.13751490.1229397398
4.3342-29.850.15611530.1412400497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2169-0.23-0.34891.0703-0.22620.85160.00430.0842-0.1172-0.0254-0.0240.125-0.001-0.09930.03560.06250.0009-0.01530.0609-0.0350.0695128.974914.271838.217
20.56820.48520.2122.2318-0.12512.0551-0.05950.3371-0.6754-0.0468-0.1843-0.16030.21590.3984-0.19230.11040.05240.04910.0094-0.1260.2401141.59961.001233.8532
31.706-0.2777-0.06430.8546-0.02291.18140.0810.2778-0.0171-0.1471-0.1095-0.046-0.05560.0260.01290.08530.04840.00690.1448-0.01990.0541142.757617.399925.9007
41.0433-0.16050.02020.7860.50390.7302-0.0774-0.1090.58050.09380.0919-0.2362-0.31-0.0243-0.02970.17950.0172-0.08270.0416-0.06880.1819115.024847.204317.8627
52.1716-0.59940.55031.4452-0.12441.6479-0.02480.0410.2245-0.0116-0.0154-0.07220.00930.03680.04820.0805-0.0012-0.02460.04370.00550.0872117.365338.04399.1928
62.31920.27620.24621.7559-0.15311.9211-0.06760.18510.0267-0.07470.0238-0.1041-0.06290.11740.03330.06810.00970.00590.0495-0.00320.0499116.890833.14445.4216
71.74760.2123-0.20941.44980.05381.4406-0.07030.0508-0.3271-0.0374-0.0009-0.06860.16360.083-0.00130.0990.01250.00680.047-0.0180.0927110.444424.50058.1043
83.8624-1.30960.46731.66760.01761.540.003-0.0695-0.4268-0.08510.04180.07980.3937-0.0731-0.00230.1988-0.0309-0.0320.07080.00580.1856103.976618.964411.7813
93.08250.0202-0.63070.99460.03460.64670.0574-0.2333-0.36630.12430.07130.24970.1736-0.2975-0.03910.11450.0096-0.00140.14180.020.1121100.158826.810319.4393
102.142-0.82020.24931.22840.09442.52030.0876-0.3676-0.46270.0798-0.00380.37560.3871-0.34830.04030.0987-0.0150.02630.24420.05320.175496.490626.001824.0381
112.4029-0.03130.32781.0520.62641.4255-0.1498-0.21470.25760.06410.0030.0706-0.1979-0.33670.15870.09160.0335-0.01160.164-0.03280.1017100.513939.256522.097
121.75790.07660.68811.0251-0.02531.2807-0.2402-0.57390.53690.19050.03680.1965-0.3336-0.39820.06090.14650.125-0.02820.2798-0.09240.13998.652342.362628.3514
132.419-0.0270.0430.79370.64330.5231-0.35-0.22310.71350.05480.1110.0065-0.399-0.14940.14010.17250.0298-0.0890.1105-0.04980.2287108.741246.415423.2548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 190 )A31 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 191 through 233 )A191 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 234 through 334 )A234 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 31 through 84 )B31 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 85 through 106 )B85 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 107 through 148 )B107 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 149 through 190 )B149 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 191 through 209 )B191 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 210 through 233 )B210 - 233
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 234 through 253 )B234 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 254 through 282 )B254 - 282
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 283 through 303 )B283 - 303
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 304 through 334 )B304 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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