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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tzh | ||||||
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タイトル | ADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor S06015 | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / inhibitor / Beta-lactamase / BATSI / ADC-7 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Fish, E.R. / Powers, R.A. / Wallar, B.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020 タイトル: 1,2,3-Triazolylmethaneboronate: A Structure Activity Relationship Study of a Class of beta-Lactamase Inhibitors againstAcinetobacter baumanniiCephalosporinase. 著者: Caselli, E. / Fini, F. / Introvigne, M.L. / Stucchi, M. / Taracila, M.A. / Fish, E.R. / Smolen, K.A. / Rather, P.N. / Powers, R.A. / Wallar, B.J. / Bonomo, R.A. / Prati, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tzh.cif.gz | 283.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tzh.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tzh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/6tzh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40808.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DRA1, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-ERF / #3: 化合物 | ChemComp-GLY / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-7 (3mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.07822 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.035→97.195 Å / Num. obs: 86979 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 327039 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→97.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.874 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.7 Å2 / Biso mean: 42.072 Å2 / Biso min: 21.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→97.19 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.088 Å / Rfactor Rfree error: 0
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