PDB-6tq2: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(4-(4-fluorophenyl)-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tq2

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 5-(4-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-5-yl)-1-methylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Bromodomain and Extraterminal Inhibitor with a Low Predicted Human Dose through Synergistic Use of Encoded Library Technology and Fragment Screening.
著者: Wellaway, C.R. / Amans, D. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Carlson, N.R. / Chung, C.W. / Cooper, A.W.J. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Dean, T.W. / Evans, J.P. / ...

履歴

登録	2019年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tq2.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tq2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tq2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tq2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6tq2_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	6tq2_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tpxC 6tpyC 6tpzC 6tq1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tq1-1 3qiv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

BBB: Bromodomain-containing protein 2

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

55.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Bromodomain-containing protein 2

BBB: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.790, 55.850, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-434- HOH
2	1	CCC-462- HOH
3	1	CCC-468- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 18039.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 発現宿主: Escherichia coli str. 'clone D i14' (大腸菌) 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NUQ / 5-[5-(4-fluorophenyl)-1~{H}-imidazol-4-yl]-1-methyl-pyridin-2-one 分子量: 269.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂FN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→50.28 Å / Num. obs: 20095 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 2923 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: not published

解像度: 2.26→40.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / WR_factor R_free: 0.286 / WR_factor R_work: 0.216 / SU B: 7.735 / SU ML: 0.193 / Average fsc free: 0.8748 / Average fsc work: 0.9061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2691	1022	5.087 %
R_work	0.2018	19070	-
all	0.205	-	-
obs	-	20092	98.776 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.174 Å²	0 Å²	-0.124 Å²
2-	-	-0.213 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→40.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2777	0	84	332	3193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.652	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.174	1.593	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.595	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.861	24.052	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.444	15	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.646	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.155	7.317	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.148	7.313	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.053	16.413	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.052	16.421	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.452	7.952	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.45	7.955	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.756	17.552	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.755	17.557	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.226	65.61	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.225	65.63	3636

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.26-2.319	0.349	78	0.226	1399	0.232	1497	0.856	0.895	98.664	0.202
2.319-2.382	0.315	66	0.192	1370	0.198	1438	0.85	0.904	99.8609	0.183
2.382-2.451	0.285	79	0.189	1317	0.195	1403	0.874	0.905	99.5011	0.18
2.451-2.526	0.252	72	0.172	1290	0.176	1371	0.884	0.924	99.3435	0.168
2.526-2.608	0.277	48	0.199	1288	0.202	1340	0.834	0.869	99.7015	0.201
2.608-2.7	0.436	75	0.286	1209	0.294	1288	0.745	0.831	99.6894	0.271
2.7-2.801	0.238	62	0.204	1168	0.206	1238	0.895	0.889	99.3538	0.212
2.801-2.915	0.253	69	0.166	1148	0.171	1226	0.913	0.934	99.2659	0.18
2.915-3.044	0.306	60	0.165	1055	0.172	1119	0.889	0.936	99.6425	0.181
3.044-3.191	0.231	57	0.177	1041	0.18	1108	0.908	0.932	99.0975	0.195
3.191-3.363	0.263	53	0.21	998	0.213	1055	0.884	0.906	99.6209	0.234
3.363-3.565	0.323	60	0.243	928	0.248	996	0.863	0.897	99.1968	0.254
3.565-3.809	0.219	42	0.224	870	0.224	928	0.912	0.916	98.2759	0.239
3.809-4.112	0.271	26	0.221	829	0.223	863	0.887	0.936	99.073	0.238
4.112-4.5	0.202	42	0.152	763	0.154	817	0.94	0.961	98.5312	0.181
4.5-5.023	0.206	32	0.169	701	0.17	742	0.951	0.954	98.7871	0.202
5.023-5.786	0.239	33	0.183	570	0.186	643	0.92	0.942	93.7792	0.229
5.786-7.051	0.227	31	0.195	522	0.197	553	0.907	0.924	100	0.242
7.051-9.826	0.299	25	0.209	409	0.214	442	0.851	0.864	98.19	0.246
9.826-40.893	0.277	12	0.299	195	0.298	269	0.78	0.653	76.9517	0.555

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関連情報:EMDBヘッダ

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