PDB-6tq1: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxyprop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tq1

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RUNX3 regulates p14-ARF / protein localization to chromatin / lysine-acetylated histone binding / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Bromodomain and Extraterminal Inhibitor with a Low Predicted Human Dose through Synergistic Use of Encoded Library Technology and Fragment Screening.
著者: Wellaway, C.R. / Amans, D. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Carlson, N.R. / Chung, C.W. / Cooper, A.W.J. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Dean, T.W. / Evans, J.P. / ...

履歴

登録	2019年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tq1.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tq1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tq1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tq1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6tq1_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	6tq1_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tpxC 6tpyC 6tpzC 6tq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z0r-2 4xvc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

BBB: Bromodomain-containing protein 2

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

55.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Bromodomain-containing protein 2

BBB: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

CCC: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.931, 55.606, 68.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.434, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-453- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 18039.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NUH / 5-(3-methoxyphenyl)-1-methyl-pyridin-2-one / 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 分子量: 215.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 24-28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25.73 Å / Num. obs: 33916 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4947 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→25.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1718	5.066 %
R_work	0.1702	-	-
all	0.172	-	-
obs	-	33915	99.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.114 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.727 Å²	0 Å²	-0.647 Å²
2-	-	-0.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.748 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2750	0	75	330	3155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.662	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.198	1.577	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.26	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.547	23.947	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.243	15	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.31	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.7	4.534	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.701	4.527	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.043	10.123	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.042	10.13	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.418	5.102	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.417	5.102	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.41	11.156	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.409	11.156	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.783	40.962	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.782	40.967	3643

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.281	139	0.277	2350	0.277	2498	0.823	0.802	99.6397	0.255
1.949-2.002	0.3	118	0.25	2315	0.252	2433	0.825	0.858	100	0.221
2.002-2.06	0.228	99	0.217	2259	0.217	2360	0.888	0.901	99.9153	0.192
2.06-2.123	0.25	113	0.213	2148	0.215	2262	0.902	0.912	99.9558	0.187
2.123-2.192	0.207	108	0.191	2121	0.192	2230	0.924	0.931	99.9552	0.168
2.192-2.268	0.239	117	0.182	2012	0.185	2130	0.916	0.931	99.953	0.163
2.268-2.353	0.198	121	0.168	1950	0.17	2073	0.944	0.947	99.9035	0.147
2.353-2.449	0.166	104	0.158	1897	0.158	2002	0.957	0.955	99.9501	0.142
2.449-2.556	0.218	98	0.155	1811	0.158	1911	0.941	0.957	99.8953	0.143
2.556-2.68	0.201	95	0.153	1732	0.155	1828	0.943	0.958	99.9453	0.142
2.68-2.823	0.242	82	0.165	1672	0.168	1754	0.94	0.954	100	0.156
2.823-2.992	0.26	69	0.161	1584	0.165	1653	0.922	0.953	100	0.155
2.992-3.196	0.212	77	0.159	1494	0.161	1571	0.938	0.954	100	0.156
3.196-3.447	0.171	66	0.159	1371	0.159	1437	0.96	0.963	100	0.163
3.447-3.769	0.193	59	0.159	1308	0.16	1367	0.95	0.958	100	0.168
3.769-4.203	0.214	79	0.15	1136	0.154	1215	0.948	0.962	100	0.165
4.203-4.832	0.162	57	0.135	1034	0.136	1091	0.967	0.971	100	0.149
4.832-5.866	0.257	47	0.171	882	0.175	929	0.933	0.956	100	0.185
5.866-8.088	0.216	44	0.182	695	0.184	739	0.942	0.941	100	0.19
8.088-25.725	0.212	26	0.198	426	0.199	454	0.944	0.949	99.5595	0.212

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