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万見
- PDB-6swm: selenol bound carbonic anhydrase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6swm
タイトルselenol bound carbonic anhydrase I
要素Carbonic anhydrase 1
キーワードLYASE / carbonic anhydrase / inhibitor / selenol
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / extracellular exosome / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{R})-1-prop-2-enoxy-3-selanyl-propan-2-ol / Carbonic anhydrase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Angeli, A. / Ferraroni, M.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Selenols: a new class of carbonic anhydrase inhibitors.
著者: Angeli, A. / Tanini, D. / Nocentini, A. / Capperucci, A. / Ferraroni, M. / Gratteri, P. / Supuran, C.T.
履歴
登録2019年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年10月1日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 1
B: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3336
ポリマ－57,8122
非ポリマー5214
水1,47782
1
A: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1673
ポリマ－28,9061
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1673
ポリマ－28,9061
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.789, 69.586, 119.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I


分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-LVW / (2~{R})-1-prop-2-enoxy-3-selanyl-propan-2-ol


分子量: 195.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.66 Å / Num. obs: 13857 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.977 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 6.19
反射 シェル解像度: 2.75→2.91 Å / Num. unique obs: 2172 / CC1/2: 0.336

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LXE

3lxe


解像度: 2.77→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 30.111 / SU ML: 0.522 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.529 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3295 661 4.9 %RANDOM
Rwork0.2723 ---
obs0.2751 12826 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.98 Å2 / Biso mean: 46.333 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3954 0 20 82 4056
Biso mean--15.11 28.44 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.6335645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0325524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5423.65200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06115627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023252
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.839 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 43 -
Rwork0.402 876 -
obs--91.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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