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- PDB-6s71: Crystal structure of CARM1 in complex with inhibitor WH5C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s71
タイトルCrystal structure of CARM1 in complex with inhibitor WH5C
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Arginine methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / histone H3R2 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / : / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity ...histone H3R17 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / histone H3R2 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / : / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / : / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / response to cAMP / positive regulation of fat cell differentiation / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RMTs methylate histone arginines / methylation / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich ...Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Distorted Sandwich / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KYE / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.062 Å
データ登録者Gunnell, E.A. / Muhsen, U. / Dowden, J. / Dreveny, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)1501569 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical evaluation of bisubstrate inhibitors of protein arginine N-methyltransferases PRMT1 and CARM1 (PRMT4).
著者: Gunnell, E.A. / Al-Noori, A. / Muhsen, U. / Davies, C.C. / Dowden, J. / Dreveny, I.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,71715
ポリマ－160,0944
非ポリマー2,62311
水9,620534
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
C: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3127
ポリマ－80,0472
非ポリマー1,2655
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
2
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
D: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4048
ポリマ－80,0472
非ポリマー1,3576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.720, 98.630, 206.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...
21(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...
31(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...
41(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLN(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA135 - 1731 - 39
12ALAALAALAALA(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA175 - 20741 - 73
13LYSLYSARGARG(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA209 - 26775 - 133
14LEULEULEULEU(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA269 - 348135 - 214
15TRPTRPTHRTHR(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA415 - 433281 - 299
16TRPTRPTHRTHR(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA415 - 437281 - 303
17LEULEUTYRTYR(chain A and (resid 135 through 173 or resid 175...AA439 - 476305 - 342
21SERSERGLNGLN(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB135 - 1731 - 39
22ALAALAALAALA(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB175 - 20741 - 73
23LYSLYSARGARG(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB209 - 26775 - 133
24LEULEULEULEU(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB269 - 348135 - 214
25TRPTRPTHRTHR(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB415 - 433281 - 299
26TRPTRPTHRTHR(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB415 - 437281 - 303
27LEULEUTYRTYR(chain B and (resid 135 through 173 or resid 175...BB439 - 476305 - 342
31SERSERGLNGLN(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC135 - 1731 - 39
32ALAALAALAALA(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC175 - 20741 - 73
33LYSLYSARGARG(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC209 - 26775 - 133
34LEULEULEULEU(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC269 - 348135 - 214
35TRPTRPTHRTHR(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC415 - 433281 - 299
36TRPTRPTHRTHR(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC415 - 437281 - 303
37LEULEUTYRTYR(chain C and (resid 135 through 173 or resid 175...CC439 - 476305 - 342
41SERSERGLNGLN(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD135 - 1731 - 39
42ALAALAALAALA(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD175 - 20741 - 73
43LYSLYSARGARG(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD209 - 26775 - 133
44LEULEULEULEU(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD269 - 348135 - 214
45TRPTRPTHRTHR(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD415 - 433281 - 299
46TRPTRPTHRTHR(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD415 - 437281 - 303
47LEULEUTYRTYR(chain D and (resid 135 through 173 or resid 175...DD439 - 476305 - 342

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要素

#1: タンパク質
Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 40023.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-KYE / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(5-carbamimidamidopentyl)amino]-2-azanyl-butanoic acid


分子量: 494.548 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H34N10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-tris propane, 0.2 M sodium acetate, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.062→103.18 Å / Num. obs: 91634 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 342936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.062-2.0970.5381524345010.780.3250.6342.196.5
5.596-103.180.0381565446050.9980.0220.04426.990.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.062→103.18 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 1999 2.18 %
Rwork0.1857 --
obs0.1862 91570 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.13 Å2 / Biso mean: 44.5792 Å2 / Biso min: 21.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.062→103.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10976 0 182 534 11692
Biso mean--59.28 47.77 -
残基数----1368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6366X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
12B6366X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
13C6366X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
14D6366X-RAY DIFFRACTION11.167TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0618-2.11330.29841390.27576259639897
2.1133-2.17050.3071440.25276393653798
2.1705-2.23440.24721420.23076375651797
2.2344-2.30650.25151430.21996412655598
2.3065-2.38890.25211420.20896404654697
2.3889-2.48460.22521440.20546417656197
2.4846-2.59770.21751440.19736415655998
2.5977-2.73460.22521420.1896376651897
2.7346-2.9060.22921430.19766428657197
2.906-3.13040.22311440.19126434657897
3.1304-3.44540.20011430.18436461660497
3.4454-3.9440.21491420.17066359650195
3.944-4.9690.17551440.15066431657595
4.969-103.30940.17551430.18336407655091
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3147-0.52920.88291.0863-0.30250.99720.0391-0.0788-0.0676-0.06190.0844-0.03020.14830.0594-00.514-0.04760.00060.44950.02870.3886-13.88817.0121-71.4543
20.78970.3846-0.1870.1242-0.1190.04550.0388-0.01370.0938-0.0449-0.02090.07110.0519-0.002900.4231-0.033-0.02470.3245-0.00620.3321-11.766827.0339-86.4517
30.58940.2610.41491.0643-0.3240.6263-0.0021-0.06210.0896-0.1565-0.00670.2001-0.00520.020800.4028-0.0346-0.04390.3527-0.02750.3815-21.213129.0391-87.0925
41.26140.68670.4661.3451-0.07331.13280.05730.1135-0.1519-0.0424-0.02990.15790.0822-0.0775-00.33160.0267-0.02650.3632-0.0680.350416.76958.3788-31.8304
50.2465-0.21640.0485-0.23470.00690.17560.04740.03680.0485-0.0352-0.0090.05090.01970.041300.22720.009-0.00560.2462-0.01710.325913.270128.1884-16.8731
60.4399-0.19920.27941.54330.05411.0727-0.00690.0220.00050.088-0.0041-0.0285-0.05410.0173-00.18910.0052-0.02310.2704-0.00240.284522.678130.8812-16.053
71.3152-0.5610.37960.99220.04210.95120.02580.0956-0.01050.030.063-0.09250.06460.0717-00.43930.00380.00890.336-0.010.316718.187632.8408-94.0782
80.41780.1170.38310.05030.02340.33120.0122-0.0092-0.0487-0.0026-0.0499-0.00560.0439-0.2497-00.5274-0.0087-0.00250.3827-0.00370.393424.056727.5905-81.8634
90.09610.1124-0.0330.19320.00930.0160.2172-0.45790.27940.2423-0.0569-0.0377-0.03410.070500.5074-0.0097-0.01860.5945-0.07080.4048-2.176718.165-58.0443
100.53730.13-0.16410.3212-0.45860.98710.1044-0.14980.056-0.0688-0.1044-0.0328-0.09710.001700.4627-0.0304-0.05020.4639-0.04230.334221.203627.5572-67.5463
110.2769-0.1753-0.23540.09580.01050.22940.29320.1331-0.2665-0.2736-0.32070.30050.2520.188-00.4843-0.0065-0.11490.6769-0.03960.477113.220421.7417-63.2559
121.00820.29570.52050.59950.11021.39350.0861-0.0493-0.1274-0.07250.0168-0.03550.17410.0253-00.2509-0.0307-0.03670.23250.02460.3104-17.230429.7206-10.9625
130.6636-0.31740.3670.0996-0.2290.13810.33130.29280.1254-0.1656-0.16870.0034-0.05350.05860.01090.3146-0.0033-0.05770.3386-0.01360.3186-5.787822.0359-38.7556
140.99410.016-0.17860.38820.55060.89350.09850.1454-0.0538-0.0195-0.0268-0.0013-0.00930.086700.30840.0152-0.05850.33440.00990.3166-19.594625.8438-35.8117
150.40360.1539-0.47490.27540.0410.49610.1810.0548-0.02780.0468-0.0729-0.26160.07030.1839-00.51830.1105-0.08680.6103-0.03210.4978-11.055520.8448-39.9801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 135 through 252 )A135 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 253 through 335 )A253 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 336 through 476 )A336 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 135 through 252 )B135 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 253 through 335 )B253 - 335
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 336 through 476 )B336 - 476
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 135 through 252 )C135 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 253 through 299 )C253 - 299
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 300 through 335 )C300 - 335
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 336 through 456 )C336 - 456
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 457 through 476 )C457 - 476
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 135 through 278 )D135 - 278
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 279 through 335 )D279 - 335
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 336 through 456 )D336 - 456
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 457 through 476 )D457 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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