PDB-6ruh: Ni-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by MR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ruh

タイトル

Ni-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by MR

要素

Proteinase K

キーワード

PROTEIN BINDING / Polyoxometalate / Complex / alpha-Keggin / Proteinase K

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Transition metal-substituted Keggin polyoxotungstates enabling covalent attachment to proteinase K upon co-crystallization.
著者: Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

履歴

登録	2019年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ruh.cif.gz	166.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ruh.ent.gz	133 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ruh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ruh_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ruh_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6ruh_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6ruh_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ruh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ruh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rugC 6rukC 6runC 6ruwC 6rveC 6rvgC 1ic6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1uvs-d 5b1d-d 6law-d 5cw1-d 3l1k-d 6rzp-d 5wrc-d 3q40-d 5xhw-d 5whl-1 7at0-1 3wib-1 7nbm-2 6y7b-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.960, 67.960, 102.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-542- HOH
2	1	A-688- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-WNI / Ni-substituted alpha-Keggin 分子量: 2735.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NiO₃₉PW₁₁
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.5), 0.7-1.2 M ammonium sulphate, 5 mM Ni-subsituted alpha-Keggin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→30.39 Å / Num. obs: 184806 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.93 / R_merge(I) obs: 0.2197 / R_pim(I) all: 0.1319 / Net I/σ(I): 4.83
反射シェル	解像度: 1.1→1.139 Å / Num. unique obs: 17305

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ic6

1ic6

解像度: 1.1→30.39 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 14.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1583	9217	4.99 %
R_work	0.1467	-	-
obs	0.1473	184791	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→30.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2031	0	109	351	2491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.541	3304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.236	740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1001-1.1126	0.1891	277	0.1848	5240	X-RAY DIFFRACTION	88
1.1126-1.1257	0.1916	291	0.179	5542	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1257-1.1394	0.1841	290	0.1747	5661	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1394-1.1538	0.1761	304	0.1633	5759	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1538-1.169	0.1621	304	0.157	5842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.169-1.185	0.1673	306	0.1493	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.185-1.2019	0.1664	309	0.1486	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2019-1.2199	0.1778	308	0.1451	5908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2199-1.2389	0.1626	312	0.146	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2389-1.2592	0.1562	309	0.1464	5927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2592-1.281	0.1807	309	0.1467	5922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.281-1.3043	0.1605	306	0.1491	5847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3043-1.3293	0.1532	314	0.145	5912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3293-1.3565	0.1646	315	0.1423	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3565-1.386	0.1516	309	0.138	5896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.386-1.4182	0.1352	311	0.1372	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4182-1.4537	0.1451	315	0.1339	5892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4537-1.493	0.1537	304	0.1315	5914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.493-1.5369	0.136	310	0.1317	5897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5369-1.5865	0.144	307	0.1292	5879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5865-1.6432	0.154	304	0.132	5930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6432-1.709	0.133	310	0.134	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7868	0.1442	316	0.1365	5934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7868-1.881	0.1494	312	0.138	5865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.881-1.9988	0.1548	311	0.1391	5927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9988-2.1531	0.1524	311	0.1417	5882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1531-2.3697	0.1472	313	0.1462	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3697-2.7124	0.1485	311	0.151	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7124-3.4166	0.1574	315	0.1538	5898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4166-30.5782	0.1942	304	0.1664	5895	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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