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万見
- PDB-6rl0: Recombinant Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rl0
タイトルRecombinant Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase, form I
要素Nitrous-oxide reductase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / denitrification / cofactor biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / copper ion import / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal ...Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / [4Cu:2S] cluster / FORMIC ACID / : / Nitrous-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Zhang, L. / Wuest, A. / Prasser, B. / Mueller, C. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council310656 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Functional assembly of nitrous oxide reductase provides insights into copper site maturation.
著者: Zhang, L. / Wust, A. / Prasser, B. / Muller, C. / Einsle, O.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
C: Nitrous-oxide reductase
D: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,35737
ポリマ－283,6664
非ポリマー3,69233
水26,2121455
1
A: Nitrous-oxide reductase
D: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,65618
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,82316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nitrous-oxide reductase
C: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,70219
ポリマ－141,8332
非ポリマー1,86917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.916, 73.372, 136.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALAAA55 - 63855 - 638
21GLUGLUALAALABB55 - 63855 - 638
12LYSLYSPROPROAA57 - 63757 - 637
22LYSLYSPROPROCC57 - 63757 - 637
13GLNGLNPROPROAA58 - 63758 - 637
23GLNGLNPROPRODD58 - 63758 - 637
14LYSLYSPROPROBB57 - 63757 - 637
24LYSLYSPROPROCC57 - 63757 - 637
15GLNGLNPROPROBB58 - 63758 - 637
25GLNGLNPROPRODD58 - 63758 - 637
16GLNGLNPROPROCC58 - 63758 - 637
26GLNGLNPROPRODD58 - 63758 - 637

NCSアンサンブル:
ID詳細
5B, D
1A, B
2A, C
3A, D
4B, C
6C, D

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase


分子量: 70916.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: nosZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19573, nitrous-oxide reductase

-
非ポリマー , 9種, 1488分子

#2: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CUK / [4Cu:2S] cluster


分子量: 318.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 35.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris propane buffer at pH 8.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M sodium chloride, and 25% (w/v) of a medium molecular weight (MMW) polyethylene glycol mixture (PEG 2K, 3350, 4K and 5K MME)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.36999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.36999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→48.91 Å / Num. obs: 205189 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 205189

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SBQ

3sbq


解像度: 1.78→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.71 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19225 10243 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.15876 194905 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å20.33 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18329 0 139 1455 19923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01918980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.94325691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95340046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22652351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32524.545902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89153195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3461592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.22755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02121176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0042.2739344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0042.2739345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8023.39911679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8033.39911680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8492.5989636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8382.5989623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3723.75113989
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.76927.80521097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.7427.49420791
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A197720.08
12B197720.08
21A195900.08
22C195900.08
31A196510.08
32D196510.08
41B195130.09
42C195130.09
51B195440.08
52D195440.08
61C196220.07
62D196220.07
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 786 -
Rwork0.269 14322 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06160.01540.01770.29760.06340.16780.0053-0.00730.0020.0135-0.01430.0307-0.01-0.01280.0090.0246-0.0099-0.00320.0391-0.0010.004111.8019-1.460759.1375
20.0531-0.014-0.03570.23650.05210.12470.0015-0.0002-0.0080.0446-0.00370.0247-0.0128-0.00320.00220.0513-0.0146-0.0040.03140.00310.006417.5548-1.0831-7.2091
30.0517-0.0837-0.03050.22070.00050.12870.0044-0.00210.008-0.0084-0.0068-0.0476-0.00670.06070.00240.0154-0.0138-0.00470.05390.00350.021340.1825-19.7514-21.0977
40.044-0.0462-0.00750.5402-0.04020.1660.0075-0.011-0.0024-0.0687-0.0111-0.1376-0.00280.06550.00360.0092-0.00130.01740.050.00430.040835.6716-20.087647.5382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A55 - 638
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 638
3X-RAY DIFFRACTION3C57 - 638
4X-RAY DIFFRACTION4D58 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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