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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rgd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complexe with an inhibitor | ||||||
![]() | NAD kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gelin, M. / Labesse, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: From Substrate to Fragments to Inhibitor ActiveIn VivoagainstStaphylococcus aureus. 著者: Gelin, M. / Paoletti, J. / Nahori, M.A. / Huteau, V. / Leseigneur, C. / Jouvion, G. / Dugue, L. / Clement, D. / Pons, J.L. / Assairi, L. / Pochet, S. / Labesse, G. / Dussurget, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rboC ![]() 6rbpC ![]() 6rbqC ![]() 6rbrC ![]() 6rbsC ![]() 6rbtC ![]() 6rbuC ![]() 6rbvC ![]() 6rbwC ![]() 6rbxC ![]() 6rbyC ![]() 6rbzC ![]() 6rc0C ![]() 6rc1C ![]() 6rc2C ![]() 6rc3C ![]() 6rc4C ![]() 6rc5C ![]() 6rc6C ![]() 6rg6C ![]() 6rg7C ![]() 6rg8C ![]() 6rg9C ![]() 6rgaC ![]() 6rgbC ![]() 6rgcC ![]() 6rr2C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-K2W / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % / Mosaicity: 1.12 ° |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→59.48 Å / Num. obs: 12634 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 44.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 39273 / Scaling rejects: 62 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.68 Å2 / Biso mean: 55.4093 Å2 / Biso min: 28.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→35.053 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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