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- PDB-6r0k: X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0k
タイトルX-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with a inhibitor SS208
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / protein deacetylase / histone deacetylase 6 / Zinc-binding / isoxazole-3-hydroxamate analogues
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding ...Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding / response to stress / hematopoietic progenitor cell differentiation / swimming behavior / transferase activity / chromatin organization / actin binding / angiogenesis / perikaryon / axon / centrosome / dendrite / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JNN / : / THIOCYANATE ION / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Barinka, C. / Ustinova, K. / Motlova, L. / Pavlicek, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a New Isoxazole-3-hydroxamate-Based Histone Deacetylase 6 Inhibitor SS-208 with Antitumor Activity in Syngeneic Melanoma Mouse Models.
著者: Shen, S. / Hadley, M. / Ustinova, K. / Pavlicek, J. / Knox, T. / Noonepalle, S. / Tavares, M.T. / Zimprich, C.A. / Zhang, G. / Robers, M.B. / Barinka, C. / Kozikowski, A.P. / Villagra, A.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,85213
ポリマ－39,8991
非ポリマー95212
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.028, 93.886, 51.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

SCN

21A-2006-

SCN

31A-2006-

SCN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 39899.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 細胞株 (発現宿主): HEKs / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 5種, 408分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-JNN / 5-[2-[(3,4-dichlorophenyl)carbonylamino]ethyl]-~{N}-oxidanyl-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 344.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11Cl2N3O4
#5: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 19 % PEG 3350, 0.2 M KSCN, 0,1 M Bis Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射モノクロメーター: Si111 DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 138875 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.13
反射 シェル解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 21216 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5EEK

5eek


解像度: 1.15→46.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.898 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17823 2100 1.5 %RANDOM
Rwork0.17027 ---
obs0.17039 136766 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å2-0 Å20 Å2
2--2.54 Å2-0 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 49 396 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.6314249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5575401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14120.795176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83415508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0361526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.4081534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2692.0961936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4341.5841589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.38420.9045053
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.149→1.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 146 -
Rwork0.344 9537 -
obs--90.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.1231 Å / Origin y: 22.7022 Å / Origin z: -4.4311 Å
111213212223313233
T0.0177 Å2-0.0003 Å2-0.0032 Å2-0.0054 Å20.0044 Å2--0.0125 Å2
L0.2202 °20.0069 °20.0044 °2-0.07 °2-0.0667 °2--0.1814 °2
S0.0121 Å °-0.0012 Å °0.0172 Å °-0.001 Å °0.0045 Å °-0.0128 Å °0.0115 Å °-0.0284 Å °-0.0166 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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