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- PDB-6qch: Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator cyanidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qch
タイトルHuman Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator cyanidin
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
キーワードHYDROLASE / Deacylase / Activator / Quercetin derivative / Allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / ketone biosynthetic process / chromosome, subtelomeric region / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity ...histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of lipid catabolic process / ketone biosynthetic process / chromosome, subtelomeric region / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of protein localization to chromatin / DNA damage sensor activity / positive regulation of stem cell differentiation / positive regulation of blood vessel branching / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / transposable element silencing / positive regulation of chondrocyte proliferation / cardiac muscle cell differentiation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / positive regulation of telomere maintenance / pericentric heterochromatin formation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / negative regulation of D-glucose import / protein localization to site of double-strand break / TORC2 complex binding / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of double-strand break repair / lncRNA binding / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of stem cell population maintenance / regulation of protein secretion / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of cellular senescence / site of DNA damage / regulation of lipid metabolic process / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleosome binding / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of gluconeogenesis / pericentric heterochromatin / response to UV / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / protein destabilization / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / base-excision repair / positive regulation of insulin secretion / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / transcription corepressor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / damaged DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet ...Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / cyanidin / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者You, W. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the activation and inhibition of Sirtuin 6 by quercetin and its derivatives.
著者: You, W. / Zheng, W. / Weiss, S. / Chua, K.F. / Steegborn, C.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,29622
ポリマ－67,2632
非ポリマー3,03320
水2,108117
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,11411
ポリマ－33,6321
非ポリマー1,48210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,18211
ポリマ－33,6321
非ポリマー1,55010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.387, 91.387, 143.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-409-

SO4

21B-409-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / SIR2-like protein 6


分子量: 33631.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q8N6T7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-HWB / cyanidin / シアニジン


分子量: 287.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
PH範囲: 5.7-6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.736
11-K, -H, -L20.264
反射解像度: 2.1→47.94 Å / Num. obs: 39771 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 47.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6379 / CC1/2: 0.634 / Rrim(I) all: 1.84 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MF6

5mf6


解像度: 2.1→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19964 2001 5 %RANDOM
Rwork0.16328 ---
obs0.16517 37769 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2---20.23 Å2-0 Å2
3---40.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4336 0 182 117 4635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0174311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.6716277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3561.5839968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.465554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86519.711242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8115760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7351550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4975.0862222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4985.0852221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5457.6162771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5447.6172772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3745.6722392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3735.6722393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.3888.3143505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.22659.6994956
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.22559.7014957
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 139 -
Rwork0.238 2745 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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